Добавление узлов элементов в объект JSON в Python от NetworkX

Question

У меня есть JSon объект, который я сделал с помощью NetworkX:

json_data = json_graph.node_link_data(network_object) 

Она построена, как это (мини-версия моего выхода):

>>> json_data 

{'directed': False, 
'graph': {'name': 'compose(, )'}, 
'links': [{'source': 0, 'target': 7, 'weight': 1}, 
    {'source': 0, 'target': 2, 'weight': 1}, 
    {'source': 0, 'target': 12, 'weight': 1}, 
    {'source': 0, 'target': 9, 'weight': 1}, 
    {'source': 2, 'target': 18, 'weight': 25}, 
    {'source': 17, 'target': 25, 'weight': 1}, 
    {'source': 29, 'target': 18, 'weight': 1}, 
    {'source': 30, 'target': 18, 'weight': 1}], 
'multigraph': False, 
'nodes': [{'bipartite': 1, 'id': 'Icarus', 'node_type': 'Journal'}, 
    {'bipartite': 1, 
    'id': 'A Giant Step: from Milli- to Micro-arcsecond Astrometry', 
    'node_type': 'Journal'}, 
    {'bipartite': 1, 
    'id': 'The Astrophysical Journal Supplement Series', 
    'node_type': 'Journal'}, 
    {'bipartite': 1, 
    'id': 'Astronomy and Astrophysics Supplement Series', 
    'node_type': 'Journal'}, 
    {'bipartite': 1, 'id': 'Astronomy and Astrophysics', 'node_type': 'Journal'}, 
    {'bipartite': 1, 
    'id': 'Astronomy and Astrophysics Review', 
    'node_type': 'Journal'}]} 

То, что я хочу сделать, это добавить следующие элементы для каждого из узлов, так что я могу использовать эти данные в качестве входных данных для sigma.js:

«х»: 0,
"у": 0,
"размер": 3
"центральность": 0

Я не могу показаться, чтобы найти эффективный способ сделать это, хотя с помощью add_node(). Есть ли какой-то очевидный способ добавить это, что мне не хватает?

Answer 1

Хотя у вас есть данные в виде графика networkx, вы можете использовать метод set_node_attributes для добавления атрибутов (например, сохраненных в словаре python) ко всем узлам графика.

В моем примере новые атрибуты хранятся в словаре attr:

import networkx as nx 
from networkx.readwrite import json_graph 

# example graph 
G = nx.Graph() 
G.add_nodes_from(["a", "b", "c", "d"]) 

# your data 
#G = json_graph.node_link_graph(json_data) 

# dictionary of new attributes 
attr = {"x": 0, 
     "y": 0, 
     "size": 3, 
     "centrality": 0} 

for name, value in attr.items(): 
    nx.set_node_attributes(G, name, value) 

# check new node attributes 
print(G.nodes(data=True)) 

Вы можете экспортировать новый график в формате JSON с node_link_data.