Длинные симуляции JAGS продолжают свисать на сервере Rstudio со странным сообщением об ошибке

Question

Я запускаю несколько моделей JAGS, используя пакет runjags для R. Я запускаю R через Rstudio на удаленном сервере. Недавно я начал получать эту ошибку при длинных запусках модели (> 30 минут). Это не происходит каждый прогон, но более 50% пробегов. Кроме того, я могу запускать идентичный код, и это случается несколько раз, но не другие. Это говорит мне, что это может быть проблема сервера, а не проблема JAGS или runjags как таковая. Какие-нибудь догадки? Я даже не знаю, где найти эти файлы журналов, ссылки на сообщения об ошибках.

Error: The following error was encountered while attempting to run the JAGS model: 
    One or more rjags sessions failed with the following error: 
Error in unserialize(node$con) : error reading from connection 

The worker log file (which may also help with debugging) is: 
starting worker pid=8549 on localhost:11467 at 16:54:51.985 
starting worker pid=8550 on localhost:11467 at 16:54:52.028 
starting worker pid=8551 on localhost:11467 at 16:54:52.072 


NOTE: Stopping adaptation 


NOTE: Stopping adaptation 


NOTE: Stopping adaptation 


Have you remembered to specify all required modules and factories? 

Answer 1

Эта ошибка говорит вам, что одна или несколько из рабочих нитей по какой-то причине умерли, возможно, из-за нехватки памяти. Является ли модель довольно большой и/или вы просите много моделей?

Чтобы предоставить дополнительную информацию об отладке, вы можете создать свой собственный кластер (см. «Parallel :: makeCluster») с аргументом outfile, а затем передать кластер для run.jags с использованием аргумента cl. Это может дать вам ошибку, что узел (ы) кластера умер с ...

погуглить ошибка также придумывает несколько взаимосвязанных вопросов на этом сайте, в том числе:

doParallel error in R: Error in serialize(data, node$con) : error writing to connection

Сама ошибка не связано с runjags/JAGS, поэтому вы можете игнорировать эту часть.