Python, PyDot и DecisionTree

Question

Я пытаюсь представить себе мою DecisionTree, но получаю ошибку Код:

X = [i[1:] for i in dataset]#attribute 
y = [i[0] for i in dataset] 
clf = tree.DecisionTreeClassifier() 

dot_data = StringIO() 
tree.export_graphviz(clf.fit(train_X, train_y), out_file=dot_data) 
graph = pydot.graph_from_dot_data(dot_data.getvalue()) 
graph.write_pdf("tree.pdf") 

И ошибка

Traceback (most recent call last): 
if data.startswith(codecs.BOM_UTF8): 
TypeError: startswith first arg must be str or a tuple of str, not bytes 

Может кто-нибудь объяснить мне, Что проблема? Большое спасибо!

Answer 1

У меня была такая же точная проблема, и я потратил пару часов, пытаясь понять, его выход. Я не могу гарантировать, что то, что я разделяю здесь, будет работать для других, но это может стоить того.

1. Я попытался установить официальные пакеты pydot, но у меня есть Python 3, и они просто не работают. Найдя заметку в потоке с одного из многих сайтов, которые я пробрал, я закончил установку this forked repository of pydot.
2. Я пошел в graphviz.org и установил их программное обеспечение на своей машине с Windows 7. Если у вас нет Windows, посмотрите в разделе «Загрузка» для своей системы.
3. После успешной установки в переменных окружения (Control Panel\All Control Panel Items\System\Advanced system settings> нажмите Environment Variables кнопку> под System variables я нашел переменную path> нажмите Edit...> Я добавил ;C:\Program Files (x86)\Graphviz2.38\bin до конца в Variable value: поле.
4. Для подтверждения теперь я могу использовать dot команды в командной строке (Windows Command Processor), я напечатал dot -V, возвращающей dot - graphviz version 2.38.0 (20140413.2041).

в коде ниже, имейте в виду, что я читал dataframe из моего буфера обмена. Вы можете быть чтение его из файла или whathaveyou.

В IPython Notebook:

import pandas as pd 
import numpy as np 
from sklearn import tree 
import pydot 
from IPython.display import Image 
from sklearn.externals.six import StringIO 

df = pd.read_clipboard() 
X = df[df.columns[:-1]] 
y = df[df.columns[-1]] 

dtr = tree.DecisionTreeRegressor(max_depth=3) 
dtr.fit(X, y) 

dot_data = StringIO() 
tree.export_graphviz(dtr, out_file=dot_data, feature_names=X.columns) 
graph = pydot.graph_from_dot_data(dot_data.getvalue()) 
Image(graph.create_png()) 

В качестве альтернативы, если вы не используете IPython, вы можете создать свой собственный образ из командной строки до тех пор, как вы Graphviz установили (шаг 2 выше). Используя мой же пример кода выше, вы используете эту строку после подгонки модели:

tree.export_graphviz(dtr.tree_, out_file='treepic.dot', feature_names=X.columns) 

затем откройте командную строку, где файл treepic.dot это и введите команду:

dot -T png treepic.dot -o treepic.png 

файл .png должен быть создан с вашим деревом решений.

Answer 2

линия в вопросе проверки, чтобы увидеть, если поток/файл кодируется как UTF-8

Вместо:

if data.startswith(codecs.BOM_UTF8): 

использование:

if codecs.BOM_UTF8 in data: 

Вы, вероятно, придется больше успеха ...

Answer 3

В случае использования Python 3, просто используйте pydotplus вместо pydot. Он также будет иметь мягкий процесс установки по протоколу.

import pydotplus 

<your code> 

dot_data = StringIO() 
tree.export_graphviz(clf, out_file=dot_data) 
graph = pydotplus.graph_from_dot_data(dot_data.getvalue()) 
graph.write_pdf("iris.pdf")