Вы должны использовать hObject обрабатывать для передачи данных между GUI функций и обратных вызовов, все это очень хорошо объяснено в авто сгенерированных комментариев. Пример взят из MATLAB documentation:
% --- Executes just before simple_gui_tab is made visible.
function my_GUIDE_GUI_OpeningFcn(hObject, eventdata, handles, varargin)
% This function has no output args, see OutputFcn.
% hObject handle to figure
% eventdata reserved - to be defined in a future version of MATLAB
% handles structure with handles and user data (see GUIDATA)
% varargin command line arguments to simple_gui_tab (see VARARGIN)
% ...
% add some additional data as a new field called numberOfErrors
handles.numberOfErrors = 0;
% Save the change you made to the structure guidata(hObject,handles)
Предположим, вам нужно, чтобы получить доступ к области numberOfErrors в кнопочного обратного вызова. Ваш код обратного вызова теперь выглядит примерно так:
% --- Executes on button press in pushbutton1.
function my_GUIDE_GUI_pushbutton1_Callback(hObject, eventdata, handles)
% hObject handle to pushbutton1 (see GCBO)
% eventdata reserved - to be defined in a future version of MATLAB
% handles structure with handles and user data (see GUIDATA)
% ...
% No need to call guidata to obtain a structure;
% it is provided by GUIDE via the handles argument
handles.numberOfErrors = handles.numberOfErrors + 1;
% save the changes to the structure
guidata(hObject,handles)