R (flostat): встроенные функции, не оценивающие требуемый лимит

Question

Так что проблема, с которой я столкнулся, довольно простой, но я не могу ее решить. Я работаю с функциями F, G, J, K и L функции spartstat, и я хочу построить функцию F для одноточечного процесса на том же участке, что и функция F для другого точечного процесса. Это было легко, за исключением того, что один из моих точечных процессов оценивает функцию r = 20, а другой - r = 15 («r» - независимая переменная на оси x). Я хочу, чтобы они оба были оценены с тем же значением r, предпочтительно 20. Как мне это сделать? По сути, это проблема.

Сначала я создаю фрейм данных, содержащее значение функции в:

mydata.Fest <- Fest(mydata) 

Затем, по некоторым причинам, эта строку коды:

plot(mydata.Fest) 

не вычисляется в тот же «г» (самостоятельное значение переменной) в этой строке кода:

plot(mydata.Fest, xlim=c(0,20), ylim=c(0,0.8)) 

Оба участка идут от xlim = C (0,20) и ylim = c (0,0.8), но по какой-то причине вторая перестает оценивать функцию при x = 15. Учитывая, что они построены на одном объекте, я не знаю, почему они не производят одинаковые сюжет.

В качестве побочного примечания у меня возникла еще одна проблема: при работе с функциями F, J и K я обнаружил, что настройка пределов (в частности, независимой переменной) приводит к непредвиденному сбою R. Если у вас возникла эта проблема или вы знаете решение, сообщите мне.

Спасибо!

Answer 1

Это FAQ. Он обсуждается на странице часто задаваемых вопросов.

Сводные функции в sleepstat, такие как Fest и Kest, имеют «рекомендуемый диапазон» для независимой переменной, которая может быть короче диапазона значений, для которых была вычислена функция.Рекомендуемый диапазон - это диапазон, в котором оценка функции статистически достоверна. По умолчанию функция отображается только в соответствии с рекомендуемыми пределами. (Это стандартная практика в пространственной статистике. Если бы мы этого не сделали, то большинство графиков выглядели бы странно, потому что значения функций взорвались, и надежная информация была бы уменьшена, чтобы занять лишь небольшую часть нижнего левого угла plot.)

Чтобы проверить доступные и рекомендуемые диапазоны r, напечатайте объект функции (просто введите его имя) и посмотрите на последние несколько строк вывода.

Для управления лимитами графика используйте xlim и ylim.

Для получения более подробной информации, см мастерская заметки www.csiro.au/resources/pf16h.html

Адриан Бэдделея - пакет автор

Answer 2

Хм, это немного странно. Извините, но не ответ, но подумал, что лучше исследовать другие, оставив воспроизводимый пример описанного вами поведения.

То, что я делал в прошлом, состоит в том, чтобы создать согласованный вектор бункеров, с помощью которого можно оценить отдельные шаблоны точек.

library(spatstat) 
data(lansing) 

mydata1 <- lansing[lansing$marks == "blackoak",] 
mydata2 <- lansing[lansing$marks == "hickory",] 

my_r <- (0:40*.002) 

mydata1.Fest2 <- Fest(mydata1, r = my_r) 
mydata2.Fest2 <- Fest(mydata2, r = my_r) 

plot(mydata1.Fest2) 
plot(mydata2.Fest2, add = TRUE) 

mydata1.Fest2$r 
mydata2.Fest2$r 

Как видно, промежутки времени одинаковы, но функции не оценивались по одному и тому же набору. Я проверил, и это, пожалуй, поведение, уникальное для Fest, я смог получить ожидаемое решение, когда использовал Kest. Пример ниже.

mydata1.Kest <- Kest(mydata1) 
my_k <- mydata1.Kest$r 
mydata2.Kest <- Kest(mydata2, r = my_k) 

plot(mydata1.Kest) 
plot(mydata2.Kest, add = TRUE) 

Я предполагаю, что это не ожидаемое поведение для Fest, но я не знаком с техникой, и как она отличается от Рипли K, так что я, конечно, могу ошибаться, и это ожидаемое поведение по какой-то причине мне неизвестно. У меня также был неожиданный сбой, похожий на то, что вы описали при попытке установить ограничения по оси на устройстве вывода, но я не смог воспроизвести его. Так что, возможно, вы на что-то, или мы оба сумасшедшие!

Answer 3

Я связался с доктором Адрианом Бадделеем (создателем «сплющивания») по этому вопросу, и он сказал мне, что этот пример демонстрирует ошибку в plot.fv, когда add = TRUE. Это будет исправлено в версии spartstat 1.28-1.