Настройте график (igraph), используя координаты XY для узлов

Я пытаюсь создать график графиков, используя координаты узлов. Я понял, что нет прямых способов сделать это через пакет igraph для R.Настройте график (igraph), используя координаты XY для узлов

Есть способы построения графика в 2D-пространстве с использованием функции layout(), но мне нужно создать график из известных координат узлов. Я буду признателен за любую помощь, которую любой может предоставить этому.

Почему я пытаюсь настроить график таким образом? После параметризации узлов графа с координатами я хочу связать узлы с использованием вероятностной меры, учитывающей расстояние между узлами.

Спасибо. Hitaysh

# Initial Co-ordinates of nodes 
    n = 1000 # no. of nodes 
    nodes.coord <- data.frame(x=runif(n,min=0,max=n), 
           y=runif(n,min=0,max=n)) 

    # Set up a graph with nodes on above co-ordinates...

P.S. Это мой первый пост в StackOverflow. Любые конструктивные отзывы о том, как лучше задавать вопросы, также приветствуются.

источник

2014-09-28 Hitaysh

Я не понимаю, что вы пытаетесь сделать. Структура графа полностью не зависит от построенных координат xy. Если вы хотите контролировать, где отображаются узлы, вы можете использовать параметр 'layout =' в 'plot.igraph()' (см. '? Igraph :: layout'). Координаты xy ничего не сообщают о том, какие узлы подключены. Пожалуйста, прочитайте [как создать воспроизводимый пример] (http://stackoverflow.com/questions/5963269/how-to-make-a-great-r-reproducible-example) и включите образец ввода и желаемый результат. (Если вы собираетесь использовать runif, также используйте 'set.seed()', чтобы мы могли получить одинаковые значения). – MrFlick

После прочтения вашего вопроса AFEW несколько раз, я предполагаю, что нечто подобное будет работать

n = 20 # no. of nodes 
set.seed(15) 
nodes.coord <- data.frame(
    x=runif(n,min=0,max=n), 
    y=runif(n,min=0,max=n) 
) 
gg <- graph.empty(n) 
plot(gg, layout=as.matrix(nodes.coord[,c("x","y")]))

enter image description here

Но если вы собираетесь подключить узлы в зависимости от расстояния, вероятно, имеет смысл чтобы найти соединения до создания объекта igraph, так как вы уже знаете местоположения.

источник

2014-09-28 17:25:36 MrFlick

Спасибо MrFlick, мне нравится идея вычисления соединений до создания графика. Я отправлю упрощенную версию моего кода здесь, как только я получу его работу. – Hitaysh

Настройте график (igraph), используя координаты XY для узлов

ответ

Смежные вопросы