R не может установить devtools или git2r из-за отсутствия zlib на macOS 10.12.3 и 10.12.5

Question

Я пытаюсь установить два пакета в R (3.3.2): devtools и git2r. Они зависят от наличия zlib. Это поставляется с macOS Sierra (10.12.3), и по умолчанию это версия 1.2.8. Когда я пытаюсь установить эти пакеты, я получаю ошибку ниже.

Я пробовал много чего.

• непосредственно установка через CRAN в RStudio: никакого эффекта.
• пытается найти zlib на macOS: не удалось найти zlib.
• установка через R CMD INSTALL git2r: нет эффект.

Я замечаю, что у кого-то аналогичная проблема размещена на GitHub: https://github.com/ropensci/git2r/issues. Пока нет решения.

У кого-нибудь есть идея?

Спасибо!

Sander

ОШИБКА СООБЩЕНИЕ НИЖЕ

configure error in "/private/tmp/RtmpP6HZFx/R.INSTALLe73412909267/git2r"

configure error

---

The zlib library that is required to build git2r was not found.

Please install:

zlib1g-dev (package on e.g. Debian and Ubuntu)

zlib-devel (package on e.g. Fedora, CentOS and RHEL)

and try again.

If the zlib library is installed on your system but the git2r configuration is unable to find it, you can specify the include and lib path to zlib with:

"R CMD INSTALL --configure-args='--with-zlib-include=INCLUDE_PATH --with-zlib-lib=LIB_PATH' git2r"

---

See "config.log" for more details

ERROR: configuration failed for package "git2r"

*removing "/usr/local/lib/R/3.3/site-library/git2r"

UPDATE: та же проблема сохраняется на MacOS X 10.12.5 в сочетании с R 3.4.0 - последний я нужно для DESeq2.

Answer 1

Решение ... Ммм. Не действительно. Я просто удалил R и все пакеты, а затем снова переустановил все. Я установил R и RStudio через homebrew, следуя инструкциям здесь: https://rud.is/b/2015/10/22/installing-r-on-os-x-100-homebrew-edition/.

Как ни странно: все проблемы исчезли.

ОБНОВЛЕНИЕ № 1: это решение не является - очевидно - работает для комбинации R 3.4.0 и macOS X 10.12.5. Нам нужно решение для этой проблемы.

ОБНОВЛЕНИЕ # 2: Я обнаружил, что, по моему мнению, проблема: неправильный путь к инструментам командной строки xcode. sudo xcode-select --reset сделал трюк и теперь xcode-select -p указывает на/Library/Developer/CommandLineTools. И какой xcode-select указывает на/usr/bin/xcode-select. Googling Я обнаружил, что нет необходимости устанавливать Xcode через App Store, поскольку он указывает на http://railsapps.github.io/xcode-command-line-tools.html: «В более ранних версиях macOS было сложнее установить инструменты командной строки Xcode. Для этого потребовалась огромная загрузка полного пакета Xcode из Mac App Store или регистрации в качестве разработчика Apple для меньшего пакета средств командной строки. Mac OS X Mavericks значительно упростили установку инструментов командной строки Xcode. ».