Я могу предложить вам хранить данные входа в систему FTP вашего приложения в виде зашифрованного файла в файловой системе (для каждого зарегистрированного пользователя). Для этого пользователь должен использовать некоторый глобальный пароль для разблокировки этого хранилища (файл расшифровки). В приложениях Mozilla это называется «master-password».
При запуске программы пользователь должен ввести мастер-пароль (возможно, в качестве пары логина и пароля пользователя). Затем, используя этот мастер-пароль (или некоторую производную информацию) в качестве ключа, сохраненный файл (с данными входа в систему FTP) будет дешифрован. Этот способ безопасен, потому что вы используете шифрование с ключом, известным только пользователю приложения.
Кроме того, этот пароль должен использоваться при входе в приложение. Или любой может запустить ваше приложение и получить данные для входа в FTP. Что-то вроде ... Пользователь запускает ваше приложение. Вводит свой логин &. Программа использует их как ключ для дешифрования. Если дешифрованные данные не являются текстовыми сообщениями - пользователь регистрируется правильно.