Не зная, какова ваша установка, и цель этой обработки, мы можем только догадываться о хорошем ответе. Я предполагаю, что вы имеете в виду, что у вас есть два микрофона в разных местах.
Если вы добавите два канала сначала, или если вы преобразовываете Фурье, а затем добавляете, вы получите плохие результаты. Причина в том, что помехи - на некоторых частотах источником будет целое число длин волн от одного микрофона, но целое с половиной от другого. Это проблема обычного новичка в записи звука.
Возможно, вы хотите измерить сигнал источника, который слышал оба микрофона, игнорируя случайный шум и посторонние источники, локальные для каждого микрофона. В этом случае сделайте Фурье по каждому каналу, вычислите мощность (квадрат величины) на каждой частоте, возьмите логарифм этого и затем усредните два канала. Это предотвращает проблемы с помехами и статистически уменьшает случайный шум (хотя и не очень много).