Вы можете смело использовать строку \n
, заканчивающуюся на .php
, а также большинство других файлов - PHP на Windows будет читать такие файлы просто отлично.
Для установки по умолчанию окончания строки для всех новых файлов: перейти на Settings/Preferences | Editor | Code Style
и изменить Line separator (for new files)
опции желаемого стиля (например Unix and OS X (\n)
).

Чтобы изменить линию окончания для конкретного существующего файла: открыть файл и либо изменить его с помощью соответствующего раздела в строке состояния .. или через File | Line Separators


P.S.
Если у вас есть EditorConfig плагин установлен и включен ... Вы можете также настроить это через .editorconfig file - там вы можете указать, что окончание строки для использования (это может быть сделано на каждом уровне расширения файла .. так он более гибкий, чем собственный параметр PhpStorm).
Это будет работать и в другом редакторе/среде IDE, поддерживающей такой файл.