Я очень новичок в R и в настоящее время пытаюсь создать эллипсы.siber.ellipses -> Ошибка в rmultireg (Y, X, Bbar, A, nu, V): не матрица
Я смотрел кастрюлю Используя эллипсы, чтобы сравнить членов сообщества :(http://www.tcd.ie/Zoology/research/research/theoretical/Rpodcasts.php#siber) и ладил с самого начала в начале. Всякий раз, когда я получаю функцию siber.ellipses, я получаю сообщение об ошибке: (Ошибка в rmultireg (Y, X, Bbar, A, nu, V): не матрица) Я не могу понять, почему. Я получаю его с моими собственными данными, а также с примерами данных в zip-файле, предоставленном вместе со скриптом.
Я исследовал сообщение об ошибке в Интернете, но не смог найти ответ.
Это почти может быть ошибка в скрипте или данных, так как я использовал их точно так, как они были предоставлены. Моя версия R - 3.3.2 Это связано с некоторыми настройками? В чем может быть причина?
Может кто-то пожалуйста Helpe меня :)
благодаря
# this demo generates some random data for M consumers based on N samples and
# constructs a standard ellipse for each based on SEAc and SEA_B
rm(list = ls())
library(siar)
-------------------------------------------------------------------------
# ANDREW - REMOVE THESE LINES WHICH SHOULD BE REDUNDANT
# change this line
setwd("C:/Users/elisabeth/Desktop/R/demo")
# -----------------------------------------------------------------------------
# now close all currently open windows
graphics.off()
# read in some data
# NB the column names have to be exactly, "group", "x", "y"
mydata <- read.table("example_ellipse_data.txt",sep="\t",header=T)
# make the column names availble for direct calling
attach(mydata)
# now loop through the data and calculate the ellipses
ngroups <- length(unique(group))
# split the isotope data based on group
spx <- split(x,group)
spy <- split(y,group)
# create some empty vectors for recording our metrics
SEA <- numeric(ngroups)
SEAc <- numeric(ngroups)
TA <- numeric(ngroups)
dev.new()
plot(x,y,col=group,type="p")
legend("topright",legend=as.character(paste("Group ",unique(group))),
pch=19,col=1:length(unique(group)))
for (j in unique(group)){
# Fit a standard ellipse to the data
SE <- standard.ellipse(spx[[j]],spy[[j]],steps=1)
# Extract the estimated SEA and SEAc from this object
SEA[j] <- SE$SEA
SEAc[j] <- SE$SEAc
# plot the standard ellipse with d.f. = 2 (i.e. SEAc)
# These are plotted here as thick solid lines
lines(SE$xSEAc,SE$ySEAc,col=j,lty=1,lwd=3)
# Also, for comparison we can fit and plot the convex hull
# the convex hull is plotted as dotted thin lines
#
# Calculate the convex hull for the jth group's isotope values
# held in the objects created using split() called spx and spy
CH <- convexhull(spx[[j]],spy[[j]])
# Extract the area of the convex hull from this object
TA[j] <- CH$TA
# Plot the convex hull
lines(CH$xcoords,CH$ycoords,lwd=1,lty=3)
}
# print the area metrics to screen for comparison
# NB if you are working with real data rather than simulated then you wont be
# able to calculate the population SEA (pop.SEA)
# If you do this enough times or for enough groups you will easily see the
# bias in SEA as an estimate of pop.SEA as compared to SEAc which is unbiased.
# Both measures are equally variable.
print(cbind(SEA,SEAc,TA))
# So far we have fitted the standard ellipses based on frequentist methods
# and calculated the relevant metrics (SEA and SEAc). Now we turn our attention
# to producing a Bayesian estimate of the standard ellipse and its area SEA_B
reps <- 10^4 # the number of posterior draws to make
# Generate the Bayesian estimates for the SEA for each group using the
# utility function siber.ellipses
SEA.B <- siber.ellipses(x,y,group,R=reps)
Ошибка в rmultireg (Y, X, просветляющего, A, ню, V): не матрица