Вы можете настроить Pyx передать Юникода в (La) TeX. Тогда все становится проблемой для создания символов, о которых идет речь в TeX/LaTeX. Здесь довольно минимальное решение для получения выходного сигнала в вопросе:
from pyx import *
text.set(cls=text.LatexRunner, texenc='utf-8')
text.preamble(r'\usepackage[utf8]{inputenc}')
text.preamble(r'\usepackage{newunicodechar}')
text.preamble(r"\newunicodechar{あ}{{\usefont{U}{min}{m}{n}\symbol{'102}}}")
text.preamble(r'\DeclareFontFamily{U}{min}{}')
text.preamble(r'\DeclareFontShape{U}{min}{m}{n}{<-> udmj30}{}')
c = canvas.canvas()
c.text(0, 0, 'UID: aあä')
c.writeGSfile('utf8.png')
Это непосредственно приводит к выходу (как PNG, загруженные здесь): 
Обратите внимание, что это было сделано с помощью Pyx 0.13 на Python 3 и довольно стандартная установка LaTeX. Кроме того, я использовал некоторую информацию от https://tex.stackexchange.com/questions/171611/how-to-write-a-single-hiragana-character-in-latex о создании этих символов в LaTeX. Кажется, что такие решения, как CJKutf8, для настройки всех типов символов для непосредственного использования в качестве символов Unicode в LaTeX, но это выход из моего опыта. Во всяком случае, все должно работать нормально в PyX, как и в LaTeX, если все настройки выполнены правильно. Удачи!
Покажите нам код о вставки некоторого содержимого в файл PDF. –
Я добавил код к вопросу. – pariwesh