Как вы делаете одно показание фактора как символ, а другой фактор - цвет в nMDS (веган)?

Question

Я пытаюсь сделать nMDS-график данных с вложенным фактором. Я хотел бы, чтобы nMDS отображал оба фактора на одном графике, используя символы и цвет.

В этом воспроизводимым Например, если use был вложен в moisture, я хотел бы сюжет, чтобы показать, как Moisture различные символы, а затем Use в разные цвета.

До сих пор я понял, это:

library("vegan") 
library("BiodiversityR") 

data(dune, dune.env) 
MDS <- metaMDS(dune, distance="bray", strata=dune.env$Moisture) 
MDS 

plot(MDS$points[,2], MDS$points[,1], type="n", main="Communities by Use", 
    xlab="NMDS Axis 1", ylab="NMDS Axis 2", xlim=c(-1.5,1.5), ylim=c(-1.5,1.5)) 
ordisymbol(MDS, dune.env, factor="Use", cex=1.25, rainbow=T, legend=T) 

Который дает мне различные виды использования в качестве как различных символов и цвета, но не показывает мне ничего влагу. Можно ли заставить его показывать разные факторы? Я предполагаю, что это может быть где-то в аргументах MDS$points[,], но я не уверен, что именно они делают.

Answer 1

Фигурные его, изменяя ответ от этого вопроса: Plot points of metaMDS

data(dune, dune.env) 
dune.MDS <- metaMDS(dune, distance = "bray", strata=dune.env$Moisture) 
dune.MDS 

pchs<- c(0:5) 
gr.moi <- factor(dune.env$Moisture) 
gr.use <- factor(dune.env$Use) 
col.gr <- c("red", "blue", "purple") 


plot(dune.MDS, type = "n", display = "sites") 
orditorp(dune.MDS,display="species",col="dark grey",air=0.01) 
points(dune.MDS, display = "sites", pch = pchs[gr.moi], col = col.gr[gr.use]) 
legend("topright", legend=levels(gr.moi), bty = "n", col= c("black"), pch = pchs) 
legend("bottomright", legend = levels(gr.use), bty = "n", col = col.gr, pch=c(20),) 

И он будет производить прекрасный сюжет с символами и цветами, как именно я хотел :)