корреляция между различными матрицами R

Question

я пытаюсь создать корреляцию (с р значений) между двумя различными матрицами (оперативные таксономические единицы в сравнении экологических Paramenters) в R

Первая таблица этого

biotic1 biotic2 Т1 1,540184 3,080025 1,354927 Т2 5,012977 Т3 1,449712 4,715981 1,146659 Т4 2,442083 1,705184 X1 3,881878 1,182721 Х2 3,014836 1,536956 Х3 Х4 ​​2,636719 1,808025 4,434525 А1 1,132737 2,135737 А2 1,506048 3,114281 А3 1,285308 4,363828 А4 3,008994 7,290423

и вторая таблица

OTU1 OTU2 OTU3 OTU4 OTU5 OTU6 OTU7 OTU8 Т1 109 80 175 14 71 46 61 39 Т2 102 48 26 8 23 5 35 10 T3 26 19 61 3 68 13 10 29 T4 143 56 9 11 16 13 49 24 X1 70 36 20 15 39 9 26 12 X2 39 33 12 32 15 2 11 3 X3 43 17 2 14 8 2 7 2 X4 160 60 8 26 25 7 9 15 A1 90 73 41 15 22 23 33 7 А2 344 109 18 28 22 13 93 16 А3 65 16 15 9 5 10 18 6 А4 141 140 6 86 18 3 43 4

Я уже пытались кор() и корр .test(), но только для корреляции значений из первой таблицы

Любое предложение?

Большое спасибо

F

Answer 1

Это мне не ясно, какой результат вы ожидаете .. Однако, если вы хотите, чтобы выполнить простой корреляции тест, вы должны иметь свои матрицы в векторном формате. Вы можете попробовать что-то вроде:

cor(c(as.matrix(your_matrix1)), c(as.matrix(your_matrix2))) 

или

cor.test(c(as.matrix(your_matrix1)), c(as.matrix(your_matrix2))) 

и посмотреть, если один из этих вариантов соответствует вашим ожиданиям.

Однако для меня более разумно исследовать ваши наборы данных с каноническим анализом корреляции. Использование базы R вы можете использовать:

cancor(matrix1, matrix2) 

вы можете также использовать некоторые пакеты, которые имеют набор инструментов для интерпретации результатов (например, library(CCA))