5
У меня возникли проблемы с разделением клеток на изображения микроскопа. Когда я применяю преобразование водораздела, я в конечном итоге разбиваю ячейки на многие части, а не просто разделяя их на границе/минимуме.Over-watershedding image
Я использую фильтр байпаса от http://physics.georgetown.edu/matlab/code.html.
bp = bpass(image,1,15);
op = imopen(bp,strel('ball',10,700));
bw = im2bw(bp-op,graythresh(bp-op));
bw = bwmorph(bw,'majority',10);
bw = imclearborder(bw);
D = bwdist(~bw);
D = -D;
D(~bw) = -Inf;
L = watershed(D);
mask = im2bw(L,1/255);
Любые идеи были бы весьма благодарны! Вы можете видеть, что мои клетки раздроблены слишком сильно в финальной маске.
Вот такой образ, который я пытаюсь перевернуть. Это 16-битное изображение, так что все выглядит черным.
Final изображение маски:
Я отделил клетки вручную здесь:
Для тех из нас, кто не является биологи, возможно, вы можете указать, где находятся камеры. Я вижу много штук, но некоторые разделены только одним пикселем, а некоторые - несколькими. Являются ли они одной и той же ячейкой или рядом находятся ячейки? – paddy
@paddy Я отделил ячейки от красного. Это помогает? – Ben