FFmpeg и MEncoder - это кодеры хорошего качества FOSS.
Если у вас возникли проблемы с кодировкой (re: ваша ошибка), возможно, стоит взглянуть на их конфигурацию, возможно, даже на выходной кодек и работать с ним таким образом. Это может помочь, если у вас есть локальное зеркало вашей удаленной системы, чтобы вы могли тестировать различные конфигурации быстрее, чем если бы вы запускали его на удаленном сервере.
Я был бы очень удивлен, если бы Panda не использовали инструмент, например mencoder или ffmpeg, для выполнения своих кодов.
Очевидным преимуществом третьей услуги (особенно для чего-то вроде кодирования видео) является то, что на вашем сервере требуется полная загрузка тепла. Кодирование видео - тяжелая задача.
Тем не менее, с ценами Panda заряда, вы могли бы легко построить немного рендер-фермы, используя пару VPS машин
Edit: Panda даже размещать their ffmpeg config так это может быть идея просто поймать одну из них.