R сломан "dyld: библиотека не загружена: @ rpath/libpcre.1.dylib"

Question

Я пытаюсь следовать Brew doctor: dyld: Library not loaded & Error: No available formula for zlib, но это не помогает. У меня был R сегодня работать раньше, но я установил r-essentials через conda (как мой R был установлен изначально), и я теперь получает следующее сообщение об ошибке:

$ which R 
/Users/jespinoz/anaconda/bin/R 

$ /Users/jespinoz/anaconda/bin/R 
dyld: Library not loaded: @rpath/libpcre.1.dylib 
    Referenced from: /Users/jespinoz/anaconda/lib/R/lib/libR.dylib 
    Reason: image not found 
Trace/BPT trap: 5 

Answer 1

Я кончался удалить весь мой каталог анаконды и переустановку :(

в ретроспективе, я понял, что мне нужно сделать shellscript просто упаковывают что-нибудь странное случилось, и мне нужно снова переустановить все. Каждый раз, когда я устанавливаю новый модуль, который, я думаю, будет полезен, я просто добавлю его сюда.

Вот все мои Python и R пакеты:

# Python 
conda install xarray --yes 
conda install holoviews --yes 
conda install seaborn --yes 
conda install scikit-learn --yes 
conda install scikit-image --yes 
conda install -c https://conda.anaconda.org/biocore scikit-bio --yes 
conda install dill --yes 
conda install pandas --yes 
conda install numpy --yes 
conda install networkx --yes 
conda install scipy --yes 
pip install fastcluster 
conda install -c jjhelmus tensorflow=0.8.0rc0 --yes 
conda install bokeh --yes 
conda install BioPython --yes 
conda install tqdm --yes 
pip install git+https://github.com/pymc-devs/pymc3 
conda install dask --yes 
conda install numba --yes 
pip install nbopen 
pip install nbextensions 
pip install https://github.com/ipython-contrib/IPython-notebook-extensions/tarball/master 
conda install html5lib --yes 
pip install selenium 
conda install phantoms --yes 
pip install pubchempy —yes 
conda install --channel https://conda.anaconda.org/rdkit rdkit --yes 
conda install --channel https://conda.anaconda.org/bioconda bioservices --yes 
conda install --channel https://conda.anaconda.org/ales-erjavec orange-bioinformatics 
pip install plotly 
pip install ete3 

# R 
conda install -c r r --yes 
conda install -c r r-essentials --yes 
conda install -c r r-rserve --yes 
conda install -c r r-devtools --yes 
conda install -c r r-rcurl --yes 
conda install -c r r-RJSONIO --yes 
conda install -c r r-jpeg --yes 
conda install -c r r-png --yes 
conda install -c r r-roxygen2 --yes 
conda install --channel https://conda.anaconda.org/bioconda bioconductor-edger --yes 

Answer 2

Файл libpcre.1.dylib нет в @rpath

Я нашел libpcre.1.dylib из/Opt/местные/Библиотека/ и сделал символическую ссылку, где Конда поместить библиотеки АиР, в моем случае

~/anaconda/lib/R/lib 

Если у вас есть подобная ситуация эти 2 команды с F ew должны помочь вам

cd /Users/you_username/anaconda/lib/R/lib 

ln -s /opt/local/lib/libpcre.1.dylib libpcre.1.dylib 

, а затем проблема решена.

Мой Гесс, что, когда у вас есть R уже установлена ​​на вашем компьютере и
г-основы добавляют позже анаконды insatll не добавить libpcre.1.dylib к установке, так как он уже существует. Но при завершении не обновлялся @rpath.