Запуск Maxent в R

Question

Извините, если этот вопрос возник раньше, но я хотел бы спросить, знает ли кто, что входит в каждый из аргументов в maxent() из пакета demo? Я искал различные сайты форума R и страницу справки R, но я не мог понять, как включить мои аргументы. У меня есть образец моего кадра данных предикторов здесь

library(dismo) 
system.file("java", package="dismo") 

bio_14 bio_19 bio_3 bio_5 forest_cover 
9  125  67  329  1 
9  125  67  329  1 
9  124  68  329  3 
10  126  67  319  3 

Каждая строка представляет собой либо фон или наличие точки. То, что я не понимаю после этого, - это то, что входит в p и аргументы в формулу maxent(). Имеет ли аргумент p аргументы x и y и третий столбец, указывающий 1 (наличие) и 0 (отсутствие)? Или столбец, содержащий 1s и 0s, переходит вместо аргумента? forest_cover - категориальная переменная.

DataM<-read.csv("Maxent dataset.csv", header=T) 
DataM<-data.frame(DataM) 
parg<-read.csv("maxent p arg.csv", header=T) 
aarg<-read.csv("maxent a arg.csv", header=T) 
DataM[,'forest_cover'] = as.factor(DataM[,'forest_cover']) 

#p 
x   y 
328206.7075 1257255.387 
328759.7075 1256632.385 
323102.7012 1256404.391 
323029.7117 1267187.402 



#a 
pb 
1 
1 
1 
0 


#Final code 
    maxent1<-maxent(x=DataM, p=parg, a=aarg, factors='forest_cover') 

    Error in maxent(x = DataM, p = parg, a = aarg, factors = "forest_cover") : 
    unused arguments (x = DataM, p = parg, a = aarg, factors = "forest_cover") 

Пожалуйста, скажите мне, если я должен переместить некоторые вещи вокруг, и если они находятся в правильных кадров данных. Заранее спасибо

Answer 1

Побежал MaxEnt в R следующим образом

maxent(predictors, parg, aarg) 

где

предикторы: стек экологических переменных

PARG: координаты присутствия местностей (координаты х и у в отдельные столбцы)

aarg: координаты фоновых точек (координаты x и y в отдельных столбцах)

Answer 2

Я не знаю, поможет ли это, но мой код выглядит следующим образом. Вы можете задать свои аргументы, как показано ниже. Если вы откроете maxent.jar и нажмите кнопку справки в графическом интерфейсе MaxEnt, вы получите список аргументов. Просто введите имя аргумента и установите его значение, и оно должно работать.

`xx<-maxent(x=expl,p=spp.coords$garmani, args=c(
    'maximumbackground=10000', 
    'defaultprevalence=1.00', 
    'betamultiplier=0.5', 
    'pictures=true', 
    'randomtestpoints=30', 
    'linear=true', 
    'quadratic=true', 
    'product=true', 
    'threshold=true', 
    'hinge=true', 
    'threads=2', 
    'responsecurves=false', 
    'jackknife=false', 
    'askoverwrite=false' 
))` 

EDIT: Я хотел бы добавить, что «х» мой растр стек ковариат (в данном случае BioClim слоев) и «р» это просто список, содержащий ху координат (в указанном порядке) для моего вида.