2014-01-28 5 views
4

Я предполагаю, что отклонения случайных эффектов в моей модели смешанного эффекта будут разными для разных уровней фиксированного коэффициента BTyp.Как разрешить фактор-специфическую дисперсию случайного эффекта в lme

Вот моя модель

fm2 <- lme(CA ~ 1 + pF+Tiefe+BTyp+Tiefe:pF+BTyp:pF, data=data2, 
      random = list(~ 1 + pF|Probe)) 
fm2_Btyphet<-update(fm2, weights=varIdent(form=~1|BTyp)) 

мне удалось включить Btyp Определённые дисперсии для случайных эффектов с использованием lmer функции, но эта функция не позволяет учитывать дисперсию гетерогенности в пределах группы ошибок (что лучше рассмотрим в моем случае). Мой вопрос заключается в том, как включить «Btyp» -специальные дисперсии для случайных эффектов с использованием функции lme?

Ниже вы можете увидеть, как это работает с функцией lmer.

CA ~ 1 + pF + Tiefe + BTyp + Tiefe:pF + BTyp:pF + 
    (0 + Pind + pF | Probe) + (0 + Bind + pF | Probe) + (0 + Tind + pF | Probe) 


Data: data2 

AIC BIC logLik deviance REMLdev 

    21987 22092 -10975 21979 21951 

Random effects: 
Groups Name Variance Std.Dev. Corr 

Probe Pind 158.6058 12.5939   
      pF  2.4289 1.5585 -1.000 

Probe Bind 134.6383 11.6034   
      pF  2.7619 1.6619 -1.000 

Probe Tind 490.6714 22.1511   
      pF 46.3533 6.8083 -1.000 

Residual  316.9860 17.8041  

Number of obs: 2530, groups: Probe, 45 

Pind, Bind, Tind являются индикаторными переменными для различных уровней BTyp.

+0

Может быть вложенный случайный эффект был бы подходящим? 'random = ~ 1 + pF | BTyp/Probe' или' random = ~ 1 + pF | Probe/BTyp' (в вашем вопросе мало информации об экспериментальном дизайне) – Roland

+0

Спасибо, Роланд, этот BTyp не был фиксированным фактор, поэтому, я думаю, я не могу использовать вложенный случайный эффект. –

ответ

1

Это Rpub обсуждает, как сделать конкретные факторы-отклонения в обоих LME и lmer:

http://rpubs.com/bbolker/6298

+1

Из [ответа на вопросник SO] (http://stackoverflow.com/help/how-to-answer): ** Предоставить контекст для ссылок **. Рекомендуются ссылки на внешние ресурсы, но, пожалуйста, добавьте контекст вокруг ссылки, чтобы у ваших коллег было некоторое представление о том, что это такое и почему оно есть. Всегда указывайте наиболее значимую часть важной ссылки, если целевой сайт недоступен или постоянно находится в автономном режиме. –

+0

спасибо, Erik. Он отлично выглядит, я попробую –

+0

Эрик, я просмотрел ссылку, которую вы рекомендовали мне. В этом примере есть только случайные эффекты, зависящие от фактора. В моем случае это должен быть случайный эффект для перехвата и лечения pF, оба из которых должны быть специфичными для конкретного фактора (BTyp-specific). Мне все еще не удалось добиться этого с помощью lme. –