Неустранимая ошибка после обновления R/R Studio

Question

Я только что обновил R и R Studio до самых последних версий.

Я пытаюсь загрузить пакет RHRV и R Studio прерывает сеанс из-за фатальной ошибки. Это связано со следующей ошибкой:

loading package: tcltk 

xcrun: error: invalid active developer path (/Library/Developer/CommandLineTools), missing xcrun at: /Library/Developer/CommandLineTools/usr/bin/xcrun 
Loading required package: tkrplot 

Команда:

библиотека ("tcltk")

выдает следующее сообщение об ошибке:

xcrun: error: invalid active developer path (/Library/Developer/CommandLineTools), missing xcrun at: /Library/Developer/CommandLineTools/usr/bin/xcrun 
Warning message: 
running command ''/usr/bin/otool' -L '/Library/Frameworks/R.framework/Resources/library/tcltk/libs//tcltk.so'' had status 1 

Запуск следующие команды аварий R Студия:

library("tkrplot") 

Вот некоторая дополнительная информация, представляющая интерес:

sessionInfo("tcltk") 

R version 3.2.2 (2015-08-14) 
Platform: x86_64-apple-darwin13.4.0 (64-bit) 
Running under: OS X 10.11 (El Capitan) 

locale: 
[1] en_CA.UTF-8/en_CA.UTF-8/en_CA.UTF-8/C/en_CA.UTF-8/en_CA.UTF-8 

attached base packages: 
[1] tcltk 

loaded via a namespace (and not attached): 
[1] Rcpp_0.12.2   Formula_1.2-1  cluster_2.0.3  magrittr_1.5   splines_3.2.2  MASS_7.3-43   grDevices_3.2.2  
[8] munsell_0.4.2  colorspace_1.2-6 lattice_0.20-33  minqa_1.2.4   stringr_1.0.0  plyr_1.8.3   tools_3.2.2   
[15] utils_3.2.2   nnet_7.3-10   grid_3.2.2   gtable_0.1.2   nlme_3.1-121  latticeExtra_0.6-26 stats_3.2.2   
[22] datasets_3.2.2  survival_2.38-3  lme4_1.1-10   digest_0.6.8  base_3.2.2   Matrix_1.2-2  gridExtra_2.0.0  
[29] RColorBrewer_1.1-2 nloptr_1.0.4  reshape2_1.4.1  ggplot2_1.0.1  acepack_1.3-3.3  graphics_3.2.2  effects_3.0-4  
[36] rpart_4.1-10  stringi_1.0-1  methods_3.2.2  scales_0.3.0   Hmisc_3.17-0  lmerTest_2.0-29  foreign_0.8-65  
[43] proto_0.3-10 

sessionInfo("tkrplot") 
R version 3.2.2 (2015-08-14) 
Platform: x86_64-apple-darwin13.4.0 (64-bit) 
Running under: OS X 10.11 (El Capitan) 

locale: 
[1] en_CA.UTF-8/en_CA.UTF-8/en_CA.UTF-8/C/en_CA.UTF-8/en_CA.UTF-8 

attached base packages: 
character(0) 

other attached packages: 
[1] tkrplot_0.0-23 

loaded via a namespace (and not attached): 
[1] Rcpp_0.12.2   Formula_1.2-1  cluster_2.0.3  magrittr_1.5  splines_3.2.2  MASS_7.3-43   grDevices_3.2.2  
[8] munsell_0.4.2  colorspace_1.2-6 lattice_0.20-33  minqa_1.2.4   stringr_1.0.0  plyr_1.8.3   tcltk_3.2.2   
[15] tools_3.2.2   utils_3.2.2   nnet_7.3-10   grid_3.2.2   gtable_0.1.2  nlme_3.1-121  latticeExtra_0.6-26 
[22] stats_3.2.2   datasets_3.2.2  survival_2.38-3  lme4_1.1-10   digest_0.6.8  base_3.2.2   Matrix_1.2-2  
[29] gridExtra_2.0.0  RColorBrewer_1.1-2 nloptr_1.0.4  reshape2_1.4.1  ggplot2_1.0.1  acepack_1.3-3.3  graphics_3.2.2  
[36] effects_3.0-4  rpart_4.1-10  stringi_1.0-1  methods_3.2.2  scales_0.3.0  Hmisc_3.17-0  lmerTest_2.0-29  
[43] foreign_0.8-65  proto_0.3-10    

Matt

Answer 1

Со многими благодаря Бен, я могу обеспечить решение этой проблемы. Проблема в том, что El Capitan имеет несколько неизвестную проблему с xcode.

Откройте терминал App и введите:

xcode-select --install 

Это занимает несколько минут, чтобы загрузить патч, необходимый для запуска Xcode. Описанная выше ошибка подсвечивается в нескольких случаях, и это было обходным путем.

Затем я перезагрузил свой компьютер и загрузить пакет «tkrplot» непосредственно из источника с кодом:

install.packages("tkrplot", type="source") 

После того, как я закончил эти три шага, я был в состоянии загрузить пакет «RHRV» и связанные пакеты «tkrplot» и «tcltk» без проблем.