Ошибка преобразования документа pandoc с ошибкой 127

Question

Я не уверен, как сделать воспроизводимый пример этого, но мне любопытно узнать, столкнулся ли кто-нибудь с этой проблемой. У меня есть файл R Markdown, размещенный с помощью блестящего сервера на экземпляре EC2 с Ubuntu. Все работает отлично в течение нескольких дней, и вдруг я получаю следующее сообщение об ошибке при попытке просмотреть документ в браузере:

pandoc document conversion failed with error 127 

Я не преобразовывая в формат PDF, не отодвигают каких-либо изменений, и это было работая несколько часов назад. Я ничего не знаю об этом коде ошибки, поэтому я не знаю, как отладить эту проблему. Кто-нибудь имел это раньше?

Answer 1

Трудно узнать наверняка то, что вы просите без примера, но я получил ту же ошибку, которая пыталась «вязать с html» из экземпляра EC2 RStudio.

Это работает для меня:

library("rmarkdown") 
render("filename.Rmd", "html_document") 

Answer 2

У меня была такая же ошибка при работе с AWS EC2 например с Ubuntu 16.04 LTS установлен и работает блестящий приложение.

Мое исправление: У меня был код вне функций ui и сервера моего файла app.R. Я переместил весь внешний код в функцию сервера, и ошибка больше не возникает.

Что смутило меня в том, что приложение все еще работало большую часть времени, хотя часть кода была вне этих двух функций!

Другая вещь, которую вы могли бы попробовать: Некоторые источники заявляют, что эта ошибка возникает из-за нехватки памяти. Чтобы помочь ограничить ситуацию с памятью в экземплярах aws, вы должны предоставить пространство подкачки, которое система может использовать для освобождения памяти. Ubuntu по экземпляру aws EC2 по умолчанию имеет нулевое пространство подкачки! Вы можете использовать эти инструкции, google также показывает много: http://www.thegeekstuff.com/2010/08/how-to-add-swap-space/

Answer 3

Это происходит, когда оперативная память, выделенная для вашего сеанса R, полностью исчерпана.

У вас может быть утечка памяти в коде.

Простейшим решением является перезапуск сеанса.

Answer 4

я столкнулся с аналогичной проблемой сегодня (см ниже от .log файла):

Warning in system(command) : system call failed: Cannot allocate memory 
Warning: Error in : pandoc document conversion failed with error 127 
Stack trace (innermost first): 
    105: pandoc_convert 
    104: convert 
    103: render 
    102: discover_rmd_resources 
    101: find_external_resources 
    100: copy_render_intermediates 
    99: output_format$intermediates_generator 
    98: <Anonymous> 
    97: do.call 
    96: contextFunc 
    95: .getReactiveEnvironment()$runWith 
    94: shiny::maskReactiveContext 
    93: <reactive> 
    82: doc 
    81: shiny::renderUI 
    80: func 
    79: origRenderFunc 
    78: output$__reactivedoc__ 
     3: <Anonymous> 
     2: do.call 
     1: rmarkdown::run 

Я тоже работаю Блестящий сервер с помощью Ubuntu на примере EC2, в частности t2.micro. Я решил эту проблему, следуя топ проголосовали ответ здесь: How do you add swap to an EC2 instance?

sudo /bin/dd if=/dev/zero of=/var/swap.1 bs=1M count=1024 
sudo /sbin/mkswap /var/swap.1 
sudo chmod 600 /var/swap.1 
sudo /sbin/swapon /var/swap.1 

Добавить в /etc/fstab:

/var/swap.1 swap swap defaults  0 0 

Короче говоря, вы можете создать своп (память) пространства на вашем EBS (с t2.micro экземпляров не имеют эфемерного хранилища), и этот должен облегчить проблему с памятью (без необходимости переходить к более крупному экземпляру EC2).