Многое зависит от того, что вы хотите, база данных или файловая система делать с XML.
Звучит так, как будто вы просто хотите сохранить их по имени или номеру и вернуть их. То есть база данных или файловая система не должны искать в них, индексировать их несколькими различными свойствами, извлекать их части, а не целые файлы и т. Д.
Если это так, то это примерно то же самое компромисс, как и с чем-либо еще: «Должен ли я хранить файлы JPEG в базе данных или в файловой системе»? Несколько компромиссов:
Если вы используете около 1000 файлов в одном каталоге, многие файловые системы сильно замедляются. Конечно, вы можете организовать их в разных каталогах (Git и iPhoto делают это упрощенно, но эффективно).
Вам нужно беспокоиться о репликации, отказоустойчивых серверах и других проблемах с высокой нагрузкой?
Вам нужно беспокоиться о транзакциях (например, два человека, пытающихся добавить или заменить один и тот же файл одновременно), разрешения пользователя, ведение журнала транзакций, возможность отката назад, как система была на прошлой неделе, и тому подобное?
Сложности, подобные тем, которые, вероятно, утверждают, что используют базу данных, поскольку базы данных обычно имеют функции, специально разработанные для решения этих проблем. Если это просто сохранение и извлечение всего XML-файлов, файловые системы могут быть проще.
В любом случае, если вы можете сделать остальную часть вашей системы не заботясь, это лучше. То есть, изолируйте часть системы, которая фактически говорит с базой данных или файловой системой, поэтому вы можете подключить любой из них при необходимости изменения.
Надеюсь, что это поможет.