Как я могу изменить Smith-Waterman algorithm с помощью матрицы замещения для выравнивания белков в Perl?Как изменить алгоритм Smith-Waterman с использованием матрицы замещения для выравнивания белков в Perl?
[цитаты] необходимые
Может быть, начать с Bio::Tools::pSW, попробуйте изменить его так, как вы хотите, и задать конкретные вопросы, если вы бежите, чтобы трудности.
Я на самом деле исследователь биоинформатики, и тот, кто ждет своего собственного кода биоинформатики, будет работать, поэтому я попытаюсь ответить на ваш вопрос, хотя он довольно плохо поставлен.
Я не уверен, почему вы думаете, что вам нужно «модифицировать» алгоритм Смита-Уотермана. Единственное, что алгоритм Смита-Уотермана должен выровнять белки вместо ДНК, является матрицей замещения для белков. Посмотрите на BLOSUM или PAM. Они основаны на частотах замещения различных аминокислотных пар в последовательностях, выровненных вручную некоторыми биологами давным-давно.
Построение матрицы замещения для белковых последовательностей намного сложнее, чем для последовательностей ДНК. Например, вы ожидаете, что одна гидрофильная аминокислота будет заменять другую относительно часто, потому что она часто может делать это без потери белка. Тем не менее, вы не ожидали бы, что гидрофобная аминокислота будет заменять гидрофильную аминокислоту так часто, потому что это значительно изменит структуру белка.
Если вы рассматриваете матрицу замещения как вход вместо части алгоритма, алгоритм Смита-Уотермана, обычно применяемый к ДНК или белкам, является технически общим алгоритмом выравнивания строк.
Водно-любящий и волнующий, да. Пойдем, чтобы посмотреть на них. –
В моей предыдущей жизни я был химиком .. программирование гораздо более прямолинейно. : D – Ether
Как насчет предоставления ссылок на описание алгоритма, определение матрицы замещения и определение выравнивания белка. В противном случае ваш вопрос будет непрозрачным для небиологов (и даже некоторых биологов, я подозреваю). –
Вы хотите изменить алгоритм или просто использовать другую матрицу оценки? Если вы хотите изменить алгоритм, вы должны уже иметь твердое представление о математике так, как оно стоит, и математику так, как вы хотите. – dnagirl
Я не могу сказать, действительно ли это вопрос; Я не знаю достаточного поля, чтобы знать, означают ли молекулярные биологи конкретные вещи, выстраивая белки и правильно ли определяющая матрица замещения. Ссылка, данная алгоритму, не описывает алгоритм, а скорее краткое описание того, как его использовать. –