Вы не можете иметь JWrapper копировать файлы в общую папку так как это не совсем соответствует тому, как JWrapper работает концептуально.
Когда вы выпускаете новую версию своего приложения, обновленные файлы будут содержаться в папке приложения (JWSystem.getAppFolder). Оттуда вы можете сохранять файлы, которые должны оставаться согласованными между версиями, в общую папку версий всех приложений (JWSystem.getAllAppVersionsSharedFolder).
Однако управление консистенцией этих файлов в разных версии и как они обновляются является то, что ваше приложение должно сделать, так как это потребует контекста о том, что файлы и как они должны быть изменены, обновлено и т.д.
Если это просто случай перезаписи файлов с последней версией, тогда нет реальной необходимости помещать их в общую папку, вы можете просто получить доступ к файлам, связанным с последней версией приложения, с помощью вызова JWSystem.getAppFolder.