Автоматизация RStudio обработана RMarkdown?

Question

У меня есть файл RMarkdown, который я использую для создания хорошего отчета HTML. Проблема в том, что я хочу иметь возможность автоматизировать ее, чтобы она могла работать на безголовом сервере. Как таковой не будет никого, чтобы запустить Rstudio и нажать кнопку «knithtml», и кажется, что Rstudio делает много дополнительной магии, например, имеет собственную версию pandoc, выполняет все необходимые команды, применяя стили CSS и т. Д.

Как я могу взять этот отчет и сгенерировать то же самое, что Rstudio генерирует, когда я нажимаю кнопку «knithtml», но просто запускаю R-скрипт?

Спасибо.

Answer 1

Попробуйте использовать

rmarkdown::render("/PATH/TO/YOUR.Rmd", output_file="/PATH/TO/YOUR/OUTPUT.html") 

вместо этого. Предполагается, что у вас есть библиотека , загруженная в вашу безголовую коробку. Он будет использовать систему pandoc, но убедитесь, что она равна 1.12 или выше.

Вот что делает knit2html (через вкладку "R Markdown" рядом "Console"):

Вот сторона бок. Слева нажмите кнопку, в правом порядке: