Добавление repos к файлу docker

Question

Я пытаюсь добавить репозитории DMLC в свой Dokerfile, чтобы установить пакет mxnet. Я делаю это следующим образом:

RUN R -e "install.packages('drat', repos='https://cran.rstudio.com')" 
RUN R -e "drat::addRepo('dmlc')" 
RUN R -e "install.packages('mxnet', #repos='https://dmlc.github.io/drat', dependencies=TRUE)" 

Это не работает. Удивительно, но я заметил, что даже если я добавляю в dmlc сделок РЕПО, на самом деле это не добавляется, когда я распечатать вывод следующей команды:

RUN R -e "print(getOption('repos'))" 

Чтобы решить эту проблему, я указал на операции РЕПО в явном виде следующим образом:

#RUN R -e "install.packages('mxnet', #repos='https://dmlc.github.io/drat', dependencies=TRUE)" 

Все еще это не помогло. Он бросает высказывание об ошибке:

this is screenshot of the error

Любая помощь? Все, что я пытаюсь сделать, это установить mxnet в свой файл Docker, когда я готовлю свой контейнер.

Answer 1

Несколько предложений:

1. Убедитесь, что команды R успешно работают за пределами Dockerfile, прежде чем использовать их с Докер. Для сообщения об ошибке, которое вы встретили, файл не существует и, следовательно, сбой установки: http://dmlc.ml/drat/src/contrib/mxnet_0.7.tar.gz

2. Я попытался выполнить следующие шаги на macOS X El Capitan и столкнулся с ошибкой с зависимыми пакетами, rgexf и XML. Однако не могли бы вы проверить, работают ли эти шаги в вашей среде?

https://mxnet.incubator.apache.org/get_started/install.html

cran <- getOption("repos") 
    cran["dmlc"] <- "https://s3-us-west-2.amazonaws.com/apache-mxnet/R/CRAN/" 
    options(repos = cran) 
    install.packages("mxnet") 

Ошибки, встречаемые мной:

Error in download.file(url, destfile, method, mode = "wb", ...) : 
    cannot download all files 
In addition: Warning message: 
In download.file(url, destfile, method, mode = "wb", ...) : 
    URL 'https://s3-us-west-2.amazonaws.com/apache-mxnet/R/CRAN/src/contrib/mxnet_0.10.1.tar.gz': status was '404 Not Found' 
Warning in download.packages(pkgs, destdir = tmpd, available = available, : 
    download of package ‘mxnet’ failed 
... 
... 
... 
ERROR: dependency ‘rgexf’ is not available for package ‘DiagrammeR’ 
* removing ‘/usr/local/lib/R/3.3/site-library/DiagrammeR’ 

The downloaded source packages are in 
    ‘/private/var/folders/b2/d3rhxz3504q3q42dlx994wmnc9mg23/T/RtmpoUy7j7/downloaded_packages’ 
Warning messages: 
1: In install.packages("mxnet") : 
    installation of package ‘XML’ had non-zero exit status 
2: In install.packages("mxnet") : 
    installation of package ‘igraph’ had non-zero exit status 
3: In install.packages("mxnet") : 
    installation of package ‘rgexf’ had non-zero exit status 
4: In install.packages("mxnet") : 
    installation of package ‘DiagrammeR’ had non-zero exit status 

Затем я попробовал:

cran <- getOption("repos") 
cran["dmlc"] <- "https://apache-mxnet.s3-accelerate.dualstack.amazonaws.com/R/CRAN/" 
options(repos = cran) 
install.packages("mxnet") 

Error in download.file(url, destfile, method, mode = "wb", ...) : 
    cannot download all files 
In addition: Warning message: 
In download.file(url, destfile, method, mode = "wb", ...) : 
    URL 'https://apache-mxnet.s3-accelerate.dualstack.amazonaws.com/R/CRAN/src/contrib/mxnet_0.10.1.tar.gz': status was '404 Not Found' 
Warning in download.packages(pkgs, destdir = tmpd, available = available, : 
    download of package ‘mxnet’ failed 

ПРИМЕЧАНИЕ: что эта ошибка не останавливает установку, хотя пока я не ударил с:

** R 
** demo 
** inst 
** preparing package for lazy loading 
** help 
*** installing help indices 
** building package indices 
** testing if installed package can be loaded 
Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) : 
    unable to load shared object '/usr/local/lib/R/3.3/site-library/igraph/libs/igraph.so': 
    dlopen(/usr/local/lib/R/3.3/site-library/igraph/libs/igraph.so, 6): Library not loaded: @rpath/libxml2.2.dylib 
    Referenced from: /usr/local/lib/R/3.3/site-library/igraph/libs/igraph.so 
    Reason: image not found 
Error: loading failed 
Execution halted 
ERROR: loading failed 
* removing ‘/usr/local/lib/R/3.3/site-library/igraph’ 
* restoring previous ‘/usr/local/lib/R/3.3/site-library/igraph’ 
ERROR: dependency ‘XML’ is not available for package ‘rgexf’ 
* removing ‘/usr/local/lib/R/3.3/site-library/rgexf’ 
ERROR: dependency ‘rgexf’ is not available for package ‘DiagrammeR’ 
* removing ‘/usr/local/lib/R/3.3/site-library/DiagrammeR’ 

Возможно, эти шаги могут работать на вашей ОС и в окружающей среде. Поэтому, пожалуйста, попробуйте их и опубликуйте свои результаты здесь.

Позже я нашел эту проблему на github. Таким образом, вы можете отслеживать эту проблему там:

https://github.com/apache/incubator-mxnet/issues/8926