Ошибка установки API на Mac

Question

У меня возникли проблемы с установкой API ансамбля. Я использовал руководство по установке на website. Сначала мне было трудно получить модули DBI и DBD mySQL, но как только я использовал perlbrew, у меня не было проблем. Однако при запуске пинг я получаю сообщение об ошибке:

ERROR: Error detected when connecting to Ensembl! 
Looks like you need to setup your PERL5LIB with the Ensembl API. Please  consult http://www.ensembl.org/info/docs/api/api_installation.html 
================================================================================ 
If the problem persists please send the following error message to helpdesk@ensembl.org 
Can't locate Bio/EnsEMBL/Registry.pm in @INC (@INC contains: /Users/haleighmiller/perl5/perlbrew/perls/5.14.4/lib/site_perl/5.14.4/darwin-thread-multi-2level /Users/haleighmiller/perl5/perlbrew/perls/5.14.4/lib/site_perl/5.14.4 /Users/haleighmiller/perl5/perlbrew/perls/5.14.4/lib/5.14.4/darwin-thread-multi-2level /Users/haleighmiller/perl5/perlbrew/perls/5.14.4/lib/5.14.4 .) at ./ping_ensembl.pl line 117. 

Я следовал инструкциям по установке в меру моих знаний, и не мог найти что-нибудь еще в Интернете, чтобы помочь. Любые советы очень ценятся.

Answer 1

Мы не можем видеть ваш код, но кажется довольно понятным, в чем проблема. Вам необходимо настроить свою среду, как описано в пункте № 3 на странице, с которой вы связаны, что объясняет установку API. Как ни странно, процесс сборки/установки отсутствует, поэтому вам необходимо вручную расширить переменную PERL5LIB, чтобы указать на нужное место. Вы можете запустить echo $PERL5LIB, чтобы увидеть, где интерпретатор будет искать модули.

Сообщение об ошибке, которое вы отправили, показывает, что вам нужно добавить правильные каталоги Ensembl для работы скрипта. Простой тест - запустить perl -MBio::EnsEMBL::Registry -e 1 в командной строке. Если он ничего не печатает, все настроено правильно. Если вы видите одно и то же сообщение об ошибке, это означает, что переменная PERL5LIB установлена ​​неправильно.