РАВНООТСТОЯЩИХ из длины в Дендрограммы

Question

In this diagram, the main information (most nodes) is on the extreme left side.

Я хочу, чтобы сделать дендрограммы легко читать и, таким образом, края должны быть пропорционально долго. Любые конкретные аргументы, которые нужно использовать, или это просто проблема данных?

Answer 1

Пакет ape имеет возможность для печати дерева (или дендрограммы) без длины брекета.

library(ape) 

# calculate dendrogram from sample data 
data(carnivora) 

tr <- hclust(dist(carnivora[1:20,6:15])) 

# convert dendrogram from class 'hclust' to 'phylo' 
tr <- as.phylo(tr) 

# plot, use par(mfrow=c(1,3)) to display side by side 
plot(tr) 
plot(tr, use.edge.length = FALSE) 
plot(tr, use.edge.length = FALSE, node.depth = 2) 

Это вызывает функцию plot.phylo и позволяет манипулировать как дендрограммы выглядит. Чтобы улучшить разборчивость меток, вам может потребоваться настройка вокала в пределах plot, которые влияют на размер шрифта (cex = 0.7) или смещение метки (label.offset = 0.5).