Как я могу вычислить корреляцию Пирсона или Спирмена в R?

Question

У меня есть данные кадр:

name   sample1.bed sample2.bed sample3.bed 
sample1.bed  1    0.0378736 0.044313 
sample2.bed  0.0378736  1   0.270536 
sample3.bed  0.044313  0.270536  1 

Я хочу, чтобы вычислить Пирсона или Спирмена корреляции, а затем построить Heatmap график из данных кадра сильфона.

мой исходные данные:

fBrain-DS14718 fBrain-DS14718 1.000000 

fBrain-DS14718 fBrain-DS16302 0.354341 

fBrain-DS14718 fHeart-DS15643 0.240543 

Answer 1

Оказывается, ваш dataframe уже корреляционная матрица. Если у вас есть необработанные данные, вы можете использовать функцию cor с матрицей, а также «spearman» или «pearson» в качестве аргументов. Затем передайте результат в heatmap.2 из пакета gplots, чтобы визуализировать его.