xtable для объекта MANOVA, полученного с автомобильным пакетом

Question

Мне интересно, как получить доступный объект MANOVA, полученный с автомобильным пакетом. Здесь ММВЙ:

library(xtable) 
library(car) 
MANOVA <- Anova(lm(cbind(Al, Fe, Mg, Ca, Na) ~ Site, data=Pottery)) 
xtable(MANOVA) 

Ошибка в методе UseMethod ("xtable"): не применяется метод 'xtable' не применяется к объекту класса "Anova.mlm"

Answer 1

Проблема заключается в том что xtable имеет метод для объектов класса anova, но функция car пакета Anova возвращает объект класса anova.mlm. Я нашел исправление в https://stat.ethz.ch/pipermail/r-help/2009-June/201478.html:

library(xtable) 
library(car) 

# Create some example data 
Pottery <- data.frame(
    "Al" = rnorm(10), 
    "Fe" = rnorm(10), 
    "Mg" = rnorm(10), 
    "Ca" = rnorm(10), 
    "Na" = rnorm(10), 
    "Site" = sample(LETTERS[1:2], 10, replace = TRUE)) 

# Create a custom function handling `anova.mlm` objects 
xtable.Anova.mlm <- function (x, ...) { 
    test <- x$test 
    repeated <- x$repeated 
    ntests <- length(x$terms) 
    tests <- matrix(NA, ntests, 4) 
    if (!repeated) 
    SSPE.qr <- qr(x$SSPE) 
    for (term in 1:ntests) { 
    eigs <- Re(eigen(qr.coef(if (repeated) qr(x$SSPE[[term]]) else 
     SSPE.qr, 
     x$SSP[[term]]), symmetric = FALSE)$values) 
    tests[term, 1:4] <- switch(test, Pillai = stats:::Pillai(eigs, 
     x$df[term], x$error.df), Wilks = stats:::Wilks(eigs, 
     x$df[term], x$error.df), `Hotelling-Lawley` = stats:::HL(eigs, 
      x$df[term], x$error.df), Roy = stats:::Roy(eigs, 
      x$df[term], x$error.df)) 
    } 
    ok <- tests[, 2] >= 0 & tests[, 3] > 0 & tests[, 4] > 0 
    ok <- !is.na(ok) & ok 
    tests <- cbind(x$df, tests, pf(tests[ok, 2], tests[ok, 3], 
    tests[ok, 4], lower.tail = FALSE)) 
    rownames(tests) <- x$terms 
    colnames(tests) <- c("Df", "test stat", "approx F", "num Df", 
    "den Df", "Pr(>F)") 
    tests <- structure(as.data.frame(tests), heading = paste("\nType ", 
    x$type, if (repeated) 
     " Repeated Measures", " MANOVA Tests: ", test, " test 
statistic", 
    sep = ""), class = c("anova", "data.frame")) 
    # print(tests) 
    # invisible(x) 
    xtable(tests) 
} 


MANOVA <- Anova(lm(cbind(Al, Fe, Mg, Ca, Na) ~ Site, data=Pottery)) 

xtable(MANOVA) 

% latex table generated in R 2.15.2 by xtable 1.7-1 package 
% Tue Jun 11 20:49:51 2013 
\begin{table}[ht] 
\centering 
\begin{tabular}{lrrrrrr} 
\hline 
& Df & test stat & approx F & num Df & den Df & Pr($>$F) \\ 
\hline 
Site & 1 & 0.61 & 1.24 & 5 & 4 & 0.4288 \\ 
\hline 
\end{tabular} 
\end{table}