Отметить Отключить анализ стиля для конкретных проектов в рамках решения вопрос в Disable stylecop analysis for specific projects within solution, поскольку я думаю, что это то, что вы ищете.
Подводя итог, мне удалось заставить это работать, добавив свойство глобальных параметров RulesEnabledByDefault в файл Settings.StyleCop, который я поместил в корневую папку каждого проекта, который я не хотел включать в анализ StyleCop.
<StyleCopSettings Version="105">
<GlobalSettings>
<BooleanProperty Name="RulesEnabledByDefault">False</BooleanProperty>
</GlobalSettings>
</StyleCopSettings>
Если вы используете объединенные файлы настроек, вы можете также включить MergeSettingsFiles глобальные настройки свойства. Например:
<StyleCopSettings Version="105">
<GlobalSettings>
<StringProperty Name="MergeSettingsFiles">NoMerge</StringProperty>
<BooleanProperty Name="RulesEnabledByDefault">False</BooleanProperty>
</GlobalSettings>
</StyleCopSettings>