Когда R запускается в интерактивном режиме в терминале, который поддерживает цвета, то можно использовать управляющие последовательности ANSI для того, чтобы положить цвета в приглашении, такие какглючит ANSI управляющие последовательности в R подсказка
options(prompt = "\033[0;31mThis is red\033[0m> ")
К сожалению, что-то пошло не так, потому что для длинных командных строк продолжение строки отменяет приглашение вместо записи в следующей строке. 
Проблема ухудшается при использовании нескольких цветов, так как каждая escape-последовательность «занимает некоторое пространство» в командной строке, до той точки, что конец подсказки может перезаписать начало. На моей конфигурации это происходит, например, с
options(prompt = paste("\033[0;31m With \033[0;32m multiple",
"\033[0;33m colors \033[0;34m this",
"\033[0;35m gets \033[0;36m really",
"\033[0;37m wrong! \033[0m"))
Почему это так? Есть ли обходной путь?
PS: Это довольно старый пост кажется связанным http://r.789695.n4.nabble.com/Xterm-escape-sequences-in-Prompt-td906375.html
Чтобы быть понятным, это когда ваша типизация вызывает новую строку, а не когда вы ломаете длинную строку и получаете приглашение на продолжение, обычно «+» да? Скриншоты могут помочь (и рекомендуется здесь, в отличие от R-help!) – Spacedman
@Spacedman Точно, это когда я печатаю длинную строку. Я добавил несколько скриншотов. –