Иерархическая кластеризация с использованием взаимной информации как мера сходства?

Question

Я хочу использовать scipy.cluster.hierarchy.linkage, чтобы вычислить структуру связей по моим данным. Мера подобия, которую мне нужно использовать, - Mutual Information. Я могу легко вычислить соответствующую матрицу подобия. Однако функция linkage принимает только матрицу расстояний.

Использование scipy (или другого python lib), как я могу вычислить структуру связей с использованием взаимной информации в качестве меры сходства? Могу ли я, может быть, преобразовать симулирующую матрицу в матрицу расстояний?

Answer 1

В соответствии с paragraph on wikipedia, что @cel указал, Jaccard distance - это вариант варианта взаимной информации. Модуль distance.pdist от scipy имеет поддержку вычисления матрицы расстояния с использованием расстояния Jaccard.