Предположим, вы кластер матрицы, которая имеет заголовок в R, используя hclust.Маркировка дендрограммы после использования hclust
Обычно можно получить помеченную картинку, так сказать, дендрограмму. Есть ли способ сделать метки векторов (которые находятся в заголовке) в dendrogramm?
Предположим, вы имеете в виду имена столбцов с headerline. Вот небольшой пример:
set.seed(123)
## create example matrix
m <- matrix(runif(200), ncol=10)
## create column names (A-G)
colnames(m) <- LETTERS[1:10]
## calculate distance matrix (transpose matrix, because dist use rows as individual samples)
d <- dist(t(m))
## clustering distance matrix
h <- hclust(d)
## plot it
plot(h)
Да, я имел в виду, спасибо. Ах ... это фактическое Дерево единственное возвращаемое значение, которое я получаю с hclust? Разве нет что-то вроде таблицы, которая говорит мне, какой вектор находится в кластере? – newnewbie
Посмотрите на '? Hclust'. Возможно, вас интересует возвращаемое значение 'merge',' order' или 'height'. – sgibb
Не совсем, на самом деле. Я посмотрел на них, но то, что я действительно хочу, это что-то вроде списка кластеров, каждый кластер говорит мне, какие векторы принадлежат ему. Возможно ли это? – newnewbie
Чтобы получить от иерархической кластеризации hc, кластеризация ровно к кластерам, использования cutree(hc, k) [перевод: вырезать кластеризация дерева на высоту получить k кластеров). Это точно даст вам желаемую длину вектора n, с содержимым от {1, ... k}. Это относится как к hclust(), так и к agnes() результатам, последний из пакета cluster.
Просьба представить [воспроизводимый пример] (http://stackoverflow.com/questions/5963269/how-to-make-a-great-r-reproducible-example), чтобы помочь нам вам помочь. – sgibb