Не похоже, что в любом случае это поможет работать с функцией init. Параметры инициализации не включают установку времени (что кажется нечетным), и обратный вызов init не возвращает ссылку на часы, которые только что были созданы.
Вы можете, однако, написать свою собственную функцию для инициализации часов. Обратите внимание, что если вам нужно много разных часов на странице, вам придется использовать ids для них, а не только для класса.
Кроме того, вам нужно написать функцию для преобразования строки даты в области данных на секунды. :-)
<div id="your-clock" data-expire="70"></div>
<script src="FlipClock/compiled/flipclock.min.js"></script>
<script>
function initClock(id){
var clock = $('#your-clock').FlipClock({countdown: true, autoStart: false});
clock.setTime($("#" + id).data("expire"));
clock.start();
}
initClock("your-clock");
</script>