Способ сделать это - и это способ, PNG экспорт плагин сам по себе делает его внутренне - создать внутренний дубликат изображения перед его уплощение. Чтобы сделать это, просто вызовите gimp-image-duplicate
и примените слияющие видимые слои и файл - * - сохраните на копии изображения, возвращенной этим вызовом.
После сохранения удалите вновь созданное изображение с помощью gimp-image-delete - иначе дубликат продолжит работу в памяти, без отображения связанных дисплеев (то есть без отображения на графическом интерфейсе вообще).
Эта копия может показаться «дорогой» в памяти и в терминах процессора, но это совсем не так: GIMP сохраняет ссылки на базовые пиксели исходного изображения, пока они не будут изменены - это единственное изменение, которое сделано в этом case, это вызов do merge-layers, который затем создает новый слой, который нужно было бы создать в любом случае.