Настройка алгоритма водоразбора, удаляющая все подключенные компоненты

Question

Я использую алгоритм водораздела, чтобы попытаться сегментировать трогательные ядра. Типичное изображение может выглядеть следующим образом: или это:

Я пытаюсь применить алгоритм водораздела с этим кодом:

show(RGB_img) 


%Convert to grayscale image 
I = rgb2gray(RGB_img); 

%Take structuring element of a disk of size 10, for the morphological transformations 
%Attempt to subtract the background from the image: top hat is the 
%subtraction of the open image from the original 


%Morphological transformation to subtract background noise from the image 
%Tophat is the subtraction of an opened image from the original. Remove all 
%images smaller than the structuring element of 10 
I1 = imtophat(I, strel('disk', 10)); 

%Increases contrast 
I2 = imadjust(I1); 
%show(I2,'contrast') 
%Assume we have background and foreground and assess thresh as such 
level = graythresh(I2); 
%Convert to binary image based on graythreshold 
BW = im2bw(I2,level); 
show(BW,'C'); 



BW = bwareaopen(BW,8); 
show(BW,'C2'); 

BW = bwdist(BW) <= 1; 
show(BW,'joined'); 
%Complement because we want image to be black and background white 
C = ~BW; 
%Use distance tranform to find nearest nonzero values from every pixel 
D = -bwdist(C); 

%Assign Minus infinity values to the values of C inside of the D image 
% Modify the image so that the background pixels and the extended maxima 
% pixels are forced to be the only local minima in the image (So you could 
% hypothetically fill in water on the image 

D(C) = -Inf; 

%Gets 0 for all watershed lines and integers for each object (basins) 
L = watershed(D); 
show(L,'L'); 

%Takes the labels and converts to an RGB (Using hot colormap) 
fin = label2rgb(L,'hot','w'); 

% show(fin,'fin'); 
im = I; 

%Superimpose ridgelines,L has all of them as 0 -> so mark these as 0(black) 
im(L==0)=0; 

clean_img = L; 
show(clean_img) 

По какой причине после C = ~BW; все изображение становится темным. Этот же блок кода работал над несколькими другими изображениями, все из которых были более «прочными» или не такими же зернистыми, как эти. Тем не менее, я думал, что компенсировал это BW = bwdist(BW) <= 1;. Я экспериментировал тонну, и я действительно не знаю, что происходит. Любая помощь будет замечательной!

Ps. это изображение после BW = bwareaopen(BW,8);

Answer 1

Перед верхней шлейфом вы должны выполнить закрытие и отверстие, чтобы уменьшить шум.

Если вы выполните открытие области на шумном изображении, вы можете получить результат на черно-белом изображении.

Так было бы:

1. Закрытие и открытие
2. Top-Hat
3. Область открытия, если по-прежнему необходимо
4. Thresholding
5. Эрозия и дилатация найти внутренние и внешние маркеры соответственно
6. Водораздел (никогда не используйте водораздел без маркеров).