Нет доступных библиотек Java, поэтому вам придется делать все это самостоятельно. Ссылка Павла - хорошее место для начала, однако вы также можете найти страницы MS на C# -реализации полезной (1), они, безусловно, более чистые, чем образцы на основе Javascript, по адресу http://ucwa.lync.com/ Что касается поддержки видеочата и совместного использования экрана, ответ на теперь, похоже, нет. Однако UCWA может инициировать их на клиентском компьютере Lync.
(1) http://msdn.microsoft.com/en-us/library/office/dn551186%28v=office.15%29.aspx