Элегантный способ проверить недостающие пакеты и установить их?

Question

В настоящее время я, кажется, делясь большим количеством кода с соавторами. Многие из них являются новичками/промежуточными пользователями R и не понимают, что им приходится устанавливать пакеты, которые у них еще нет.

Есть ли элегантный способ позвонить installed.packages(), сравните это с теми, которые я загружаю и устанавливаю, если отсутствует?

Answer 1

Да. Если у вас есть список пакетов, сравните его с выводом installed.packages()[,"Package"] и установите недостающие пакеты. Что-то вроде этого:

list.of.packages <- c("ggplot2", "Rcpp") 
new.packages <- list.of.packages[!(list.of.packages %in% installed.packages()[,"Package"])] 
if(length(new.packages)) install.packages(new.packages) 

В противном случае:

Если вы поместите свой код в пакете и сделать их зависимости, то они будут автоматически при установке пакета.

Answer 2

Несомненно.

Вам необходимо сравнить «установленные пакеты» с «желаемыми пакетами». Это очень близко к тому, что я делаю с CRANberries, поскольку мне нужно сравнить «сохраненные известные пакеты» с «известными в настоящее время пакетами» для определения новых и/или обновленных пакетов.

Так что-то вроде

AP <- available.packages(contrib.url(repos[i,"url"])) # available t repos[i] 

, чтобы получить все известные пакеты, Двойники вызовов для установленных пакетов и сравнить, что для данного набора целевых пакетов.

Answer 3

Хотя ответ Шейна действительно хорош, для одного из моих проектов мне нужно было удалить сообщения, предупреждения и установить пакеты automagically. Я, наконец, удалось получить этот сценарий:

InstalledPackage <- function(package) 
{ 
    available <- suppressMessages(suppressWarnings(sapply(package, require, quietly = TRUE, character.only = TRUE, warn.conflicts = FALSE))) 
    missing <- package[!available] 
    if (length(missing) > 0) return(FALSE) 
    return(TRUE) 
} 

CRANChoosen <- function() 
{ 
    return(getOption("repos")["CRAN"] != "@CRAN@") 
} 

UsePackage <- function(package, defaultCRANmirror = "http://cran.at.r-project.org") 
{ 
    if(!InstalledPackage(package)) 
    { 
     if(!CRANChoosen()) 
     {  
      chooseCRANmirror() 
      if(!CRANChoosen()) 
      { 
       options(repos = c(CRAN = defaultCRANmirror)) 
      } 
     } 

     suppressMessages(suppressWarnings(install.packages(package))) 
     if(!InstalledPackage(package)) return(FALSE) 
    } 
    return(TRUE) 
} 

Использование:

libraries <- c("ReadImages", "ggplot2") 
for(library in libraries) 
{ 
    if(!UsePackage(library)) 
    { 
     stop("Error!", library) 
    } 
} 

Answer 4

Я использую следующие, который будет проверять, если установлен пакет, и если зависимостей обновляются, а затем загружает пакет.

p<-c('ggplot2','Rcpp') 
install_package<-function(pack) 
{if(!(pack %in% row.names(installed.packages()))) 
{ 
    update.packages(ask=F) 
    install.packages(pack,dependencies=T) 
} 
require(pack,character.only=TRUE) 
} 
for(pack in p) {install_package(pack)} 

completeFun <- function(data, desiredCols) { 
    completeVec <- complete.cases(data[, desiredCols]) 
    return(data[completeVec, ]) 
} 

Answer 5

Это цель rbundler package: обеспечить способ управления пакетами, которые установлены для конкретного проекта. Сейчас пакет работает с функциональностью devtools для установки пакетов в каталог вашего проекта. Функциональность похожа на Ruby's bundler.

Если ваш проект является пакетом (рекомендуется), все, что вам нужно сделать, это загрузить rbundler и расслоение пакетов. Функция bundle будет смотреть файл DESCRIPTION вашего пакета, чтобы определить, какие пакеты нужно связывать.

library(rbundler) 
bundle('.', repos="http://cran.us.r-project.org") 

Теперь пакеты будут установлены в каталоге .Rbundle.

Если ваш проект не пакет, то вы можете подделать его, создав DESCRIPTION файл в корневом каталоге вашего проекта с полем зависит, где перечислены пакеты, которые вы хотите установить (с дополнительной информацией о версии):

Depends: ggplot2 (>= 0.9.2), arm, glmnet 

Это репортаж github для проекта, если вы заинтересованы в предоставлении: rbundler.

Answer 6

Это решение примет вектор символа имен пакетов и попытается загрузить их или установить, если загрузка не удалась. Он опирается на поведение возвратного require сделать это, потому что ...

require возвращает (невидимо) Логическим с указанием того, доступен ли необходимый пакет

Поэтому мы можем просто посмотреть, если мы смогли загрузить требуемый пакет, а если нет, установите его с зависимостями. Поэтому, учитывая, символьный вектор пакетов, которые вы хотите загрузить ...

foo <- function(x){ 
    for(i in x){ 
    # require returns TRUE invisibly if it was able to load package 
    if(! require(i , character.only = TRUE)){ 
     # If package was not able to be loaded then re-install 
     install.packages(i , dependencies = TRUE) 
     # Load package after installing 
     require(i , character.only = TRUE) 
    } 
    } 
} 

# Then try/install packages... 
foo(c("ggplot2" , "reshape2" , "data.table")) 

Answer 7

Вы можете просто использовать возвращаемое значение require:

if(!require(somepackage)){ 
    install.packages("somepackage") 
    library(somepackage) 
} 

я использую library после установки, так как он будет бросать исключение если установка не была успешной или пакет не может быть загружен по какой-либо другой причине. Вы делаете это более надежный и многоразовых:

dynamic_require <- function(package){ 
    if(eval(parse(text=paste("require(",package,")")))) return True 

    install.packages(package) 
    return eval(parse(text=paste("require(",package,")"))) 
} 

Недостатком этого метода является то, что вы должны передать имя пакета в кавычках, которые не делают для реального require.

Answer 8

Dason K. и у меня есть пакет pacman, который может сделать это красиво. Функция p_load в упаковке делает это. Первая строка предназначена только для обеспечения установки pacman.

if (!require("pacman")) install.packages("pacman") 
pacman::p_load(package1, package2, package_n) 

Answer 9

Что касается вашей главной цели «чтобы установить библиотеки они уже не имеют.» И независимо от того, с помощью «instllaed.packages()». Следующая функция маскирует исходную функцию require. Он пытается загрузить и проверить именованный пакет «x», если он не установлен, установить его напрямую, включая зависимости; и, наконец, загрузите его нормальным образом. вы переименовываете имя функции из «require» в «library» для поддержания целостности. Единственное ограничение - имена пакетов должны быть указаны.

require <- function(x) { 
    if (!base::require(x, character.only = TRUE)) { 
    install.packages(x, dep = TRUE) ; 
    base::require(x, character.only = TRUE) 
    } 
} 

Таким образом, вы можете загрузить и установленный пакет старый способ моды R. требуют ("ggplot2") требуют ("Rcpp")

Answer 10

# List of packages for session 
.packages = c("ggplot2", "plyr", "rms") 

# Install CRAN packages (if not already installed) 
.inst <- .packages %in% installed.packages() 
if(length(.packages[!.inst]) > 0) install.packages(.packages[!.inst]) 

# Load packages into session 
lapply(.packages, require, character.only=TRUE) 

Answer 11

попробовать это:

if (!require(MyDesiredLibrary)) { 
    install.packages("MyDesiredLibrary") 
} 

Answer 12

Я внедрил функцию для установки и загрузки требуемых пакетов R. Надежда может помочь.Вот код:

# Function to Install and Load R Packages 
Install_And_Load <- function(Required_Packages) 
{ 
    Remaining_Packages <- Required_Packages[!(Required_Packages %in% installed.packages()[,"Package"])]; 

    if(length(Remaining_Packages)) 
    { 
     install.packages(Remaining_Packages); 
    } 
    for(package_name in Required_Packages) 
    { 
     library(package_name,character.only=TRUE,quietly=TRUE); 
    } 
} 

# Specify the list of required packages to be installed and load  
Required_Packages=c("ggplot2", "Rcpp"); 

# Call the Function 
Install_And_Load(Required_Packages); 

Answer 13

Следующая простая функция работает как шарм:.

usePackage<-function(p){ 
     # load a package if installed, else load after installation. 
     # Args: 
     # p: package name in quotes 

     if (!is.element(p, installed.packages()[,1])){ 
     print(paste('Package:',p,'Not found, Installing Now...')) 
     install.packages(p, dep = TRUE)} 
     print(paste('Loading Package :',p)) 
     require(p, character.only = TRUE) 
    } 

(не мой, нашел это в Интернете некоторое время назад и использовал его с тех пор не уверен первоисточника)

Answer 14

Вот мой код для этого:

packages <- c("dplyr", "gridBase", "gridExtra") 
package_loader <- function(x){ 
    for (i in 1:length(x)){ 
     if (!identical((x[i], installed.packages()[x[i],1])){ 
      install.packages(x[i], dep = TRUE) 
     } else { 
      require(x[i], character.only = TRUE) 
     } 
    } 
} 
package_loader(packages) 

Answer 15

Я использую следующую функцию т o установить пакет, если require("<package>") выходы с ошибкой пакета не найдены. Он будет запрашивать оба - хранилища CRAN и Bioconductor для отсутствия пакета.

адаптировано из оригинальной работы Джошуа Уайли, http://r.789695.n4.nabble.com/Install-package-automatically-if-not-there-td2267532.html

install.packages.auto <- function(x) { 
    x <- as.character(substitute(x)) 
    if(isTRUE(x %in% .packages(all.available=TRUE))) { 
    eval(parse(text = sprintf("require(\"%s\")", x))) 
    } else { 
    #update.packages(ask= FALSE) #update installed packages. 
    eval(parse(text = sprintf("install.packages(\"%s\", dependencies = TRUE)", x))) 
    } 
    if(isTRUE(x %in% .packages(all.available=TRUE))) { 
    eval(parse(text = sprintf("require(\"%s\")", x))) 
    } else { 
    source("http://bioconductor.org/biocLite.R") 
    #biocLite(character(), ask=FALSE) #update installed packages. 
    eval(parse(text = sprintf("biocLite(\"%s\")", x))) 
    eval(parse(text = sprintf("require(\"%s\")", x))) 
    } 
} 

Пример:

install.packages.auto(qvalue) # from bioconductor 
install.packages.auto(rNMF) # from CRAN 

PS: update.packages(ask = FALSE) & biocLite(character(), ask=FALSE) обновит все установленные пакеты в системе. Это может занять много времени и рассмотреть его как полное обновление R, которое не может быть гарантировано все время!

Answer 16

48 lapply_install_and_load <- function (package1, ...) 
49 { 
50  # 
51  # convert arguments to vector 
52  # 
53  packages <- c(package1, ...) 
54  # 
55  # check if loaded and installed 
56  # 
57  loaded  <- packages %in% (.packages()) 
58  names(loaded) <- packages 
59  # 
60  installed  <- packages %in% rownames(installed.packages()) 
61  names(installed) <- packages 
62  # 
63  # start loop to determine if each package is installed 
64  # 
65  load_it <- function (p, loaded, installed) 
66  { 
67   if (loaded[p]) 
68   { 
69    print(paste(p, "loaded")) 
70   } 
71   else 
72   { 
73    print(paste(p, "not loaded")) 
74    if (installed[p]) 
75    { 
76     print(paste(p, "installed")) 
77     do.call("library", list(p)) 
78    } 
79    else 
80    { 
81     print(paste(p, "not installed")) 
82     install.packages(p) 
83     do.call("library", list(p)) 
84    } 
85   } 
86  } 
87  # 
88  lapply(packages, load_it, loaded, installed) 
89 } 

Answer 17

Достаточно простой.

pkgs = c("pacman","data.table") 
if(length(new.pkgs <- setdiff(pkgs, rownames(installed.packages())))) install.packages(new.pkgs) 

Answer 18

Мысль я бы внести свой вклад в один я использую:

testin <- function(package){if (!package %in% installed.packages())  
install.packages(package)} 
testin("packagename") 

Answer 19

Вы можете просто использовать функцию setdiff для получения пакетов, которые не установлены, а затем установить их. В приведенном ниже примере мы проверяем, установлены ли перед установкой пакеты ggplot2 и Rcpp.

unavailable <- setdiff(c("ggplot2", "Rcpp"), rownames(installed.packages())) 
install.packages(unavailable) 

В одной строке выше можно записать в виде:

install.packages(setdiff(c("ggplot2", "Rcpp"), rownames(installed.packages()))) 

Answer 20

library <- function(x){ 
    x = toString(substitute(x)) 
if(!require(x,character.only=TRUE)){ 
    install.packages(x) 
    base::library(x,character.only=TRUE) 
}} 

Это работает с некотируемыми именами пакетов и довольно элегантный (см ответа GeoObserver в)

Answer 21

if (!require('ggplot2')) install.packages('ggplot2'); library('ggplot2') 

«ggplot2» - это пакет. Он проверяет, установлен ли пакет, если он не устанавливает его. Затем он загружает пакет независимо от того, в какой ветви он занял.

Answer 22

Используйте packrat, чтобы общие библиотеки были одинаковыми и не меняли окружающую среду.

С точки зрения элегантности и передовой практики, я думаю, что вы в корне идете об этом неправильно. для этих вопросов был разработан пакет packrat. Он разработан RStudio Хэдли Уикхэмом.Вместо того, чтобы устанавливать зависимостей и, возможно, испортить кому-то систему окружения, packrat использует свой собственный каталог и устанавливает все зависимости для ваших программ в своих приложениях и не затрагивает чью-то среду.

Packrat представляет собой систему управления зависимость для R.

зависимостей R пакет может быть неприятно. Вам приходилось использовать пробную версию, чтобы выяснить, какие пакеты R вам нужно установить, чтобы заставить работать чей-то код, а затем остался с этими пакетами, установленными на глобальном уровне навсегда, потому что теперь вы не уверены, нужны ли вам эти ? Вы когда-нибудь обновляли пакет, чтобы получить код в одном из ваших проектов, чтобы работать, только чтобы найти, что обновленный пакет заставляет код в другом проекте перестать работать?

Мы построили packrat для решения этих проблем. Используйте packrat, чтобы сделать ваши проекты R больше:

• Изолированные. Установка нового или обновленного пакета для одного проекта не нарушит ваши другие проекты, и наоборот. Это потому, что packrat предоставляет каждому проекту свою собственную библиотеку частных пакетов.
• Portable: легко переносите свои проекты с одного компьютера на другой, даже на разных платформах. Packrat упрощает установку пакетов, от которых зависит ваш проект.
• Воспроизводимые: Packrat записывает точные версии пакетов, на которых вы полагаетесь, и гарантирует, что те точные версии устанавливаются везде, где вы находитесь.

https://rstudio.github.io/packrat/

Answer 23

Многие из перечисленных выше (и на дубликатах этого вопроса) ответы полагаться на installed.packages который является плохой форме. Из документации:

Это может быть медленным, когда установлены тысячи пакетов, поэтому не используйте это, чтобы узнать, установлен ли именованный пакет (используйте файл system.file или find.package), а также не выясните, пакет можно использовать (вызвать запрос и проверить возвращаемое значение), а также не найти детали небольшого количества пакетов (используйте packageDescription). Он должен прочитать несколько файлов на установленный пакет, который будет медленным в Windows и некоторых сетевых файловых системах.

Таким образом, лучший подход заключается в попытке загрузить пакет с помощью require и и установить, если загрузка не удается (require вернется FALSE, если он не найден). Я предпочитаю эту реализацию:

using<-function(...) { 
    libs<-unlist(list(...)) 
    req<-unlist(lapply(libs,require,character.only=TRUE)) 
    need<-libs[req==FALSE] 
    if(length(need)>0){ 
     install.packages(need) 
     lapply(need,require,character.only=TRUE) 
    } 
} 

, который может быть использован, как это:

using("RCurl","ggplot2","jsonlite","magrittr") 

Таким образом, он загружает все пакеты, а затем возвращается и устанавливает все недостающие пакеты (которые, если вы хотите, это удобное место для вставки подсказки, чтобы спросить, хочет ли пользователь устанавливать пакеты). Вместо того, чтобы вызывать install.packages отдельно для каждого пакета, он передает весь вектор удаленных пакетов только один раз.

Вот та же функция, но с диалоговыми окнами, спрашивает, если пользователь хочет установить недостающие пакеты

using<-function(...) { 
    libs<-unlist(list(...)) 
    req<-unlist(lapply(libs,require,character.only=TRUE)) 
    need<-libs[req==FALSE] 
    n<-length(need) 
    if(n>0){ 
     libsmsg<-if(n>2) paste(paste(need[1:(n-1)],collapse=", "),",",sep="") else need[1] 
     print(libsmsg) 
     if(n>1){ 
      libsmsg<-paste(libsmsg," and ", need[n],sep="") 
     } 
     libsmsg<-paste("The following packages could not be found: ",libsmsg,"\n\r\n\rInstall missing packages?",collapse="") 
     if(winDialog(type = c("yesno"), libsmsg)=="YES"){  
      install.packages(need) 
      lapply(need,require,character.only=TRUE) 
     } 
    } 
} 

Answer 24

source("https://bioconductor.org/biocLite.R") 
if (!require("ggsci")) biocLite("ggsci") 

Answer 25

В моем случае, я хотел один вкладыш, который я мог бы запустить из командной строки (фактически через Makefile). Ниже приведен пример установки «VGAM» и «перо», если они еще не установлены:

R -e 'for (p in c("VGAM", "feather")) if (!require(p, character.only=TRUE)) install.packages(p, repos="http://cran.us.r-project.org")' 

Изнутри R было бы просто:

for (p in c("VGAM", "feather")) if (!require(p, character.only=TRUE)) install.packages(p, repos="http://cran.us.r-project.org") 

Там нет ничего, за предыдущие решения, за исключением что:

• Я держу его в одной строке
• I жесткий код параметра repos (чтобы избежать каких-либо всплывающих окон с просьбой Або ут зеркало использовать)
• Я не удосужился определить функцию, которая будет использоваться в других

Также отметим важное character.only=TRUE (без него, require попытается загрузить пакет p).