Как составить список списков на основе определенного символа?

-1

У меня есть один файл, который имеет следующие строки:Как составить список списков на основе определенного символа?

B99990001 1 2 3 4 
B99990001 1 3 3 4 
B99990002 1 2 3 4 
B99990002 1 3 3 4 
B99990003 1 2 3 4 
B99990003 1 3 3 4

Так вот моя цель состоит в том, чтобы сделать основной список, который должен иметь три вложенных списков на основе первых столбцов (B99990001, B99990002, B99990003) линий:

Mainlist=[ 
      ['B99990001 1 2 3 4','B99990001 1 3 3 4'],#sublist1 has B99990001 
      ['B99990002 1 2 3 4','B99990002 1 3 3 4'],#sublist2 has B99990002 
      ['B99990002 1 2 3 4','B99990002 1 3 3 4'] #sublist3 has B99990002 
                       ]

Надеюсь, мой вопрос понятен. Поэтому, если кто-то знает, что вы могли бы мне помочь в этом.

Благодарим Вас заранее

СМОТРИТЕ ЗДЕСЬ МОЙ РЕАЛЬНЫЙ ПРИМЕР:

import os 
import re 
pdbPathAndName = ['/Users/Mahesh/Documents/MAHESH_INTERNSHIP_2014 /ENZOWP2/2WC5_090715_170128/E3P/E3P.B99990001.pdb','/Users/Mahesh/Documents/MAHESH_INTERNSHIP_2014/ENZOWP2/2WC5_090715_170128/E3P/E3P.B99990002.pdb'] 

''' /Users/Mahesh/Documents/MAHESH_INTERNSHIP_2014/ENZOWP2/2WC5_090715_170128/E3P/E3P.B99990001.pdb=[ 
        'ATOM 138 SG CYS 19  4.499 4.286 8.260 1.00 71.96   S', 
        'ATOM 397 SG CYS 50  14.897 3.238 9.338 1.00 34.60   S', 
        'ATOM 424 SG CYS 54  5.649 5.914 8.639 1.00 42.68   S', 
        'ATOM 774 SG CYS 97  12.114 -6.864 23.897 1.00 62.23   S', 
        'ATOM 865 SG CYS 108  15.200 3.910 11.227 1.00 54.49   S' ] 

/Users/Mahesh/Documents/MAHESH_INTERNSHIP_2014/ENZOWP2/2WC5_090715_170128/E3P/E3P.B99990002.pdb=[ 
        'ATOM 929 SG CYS 117  13.649 -6.894 22.589 1.00106.90   S', 
        'ATOM 138 SG CYS 19  4.499 4.286 8.260 1.00 71.96   S', 
        'ATOM 397 SG CYS 50  14.897 3.238 9.338 1.00 34.60   S', 
        'ATOM 424 SG CYS 54  5.649 5.914 8.639 1.00 42.68   S', 
        'ATOM 774 SG CYS 97  12.114 -6.864 23.897 1.00 62.23   S', 
        'ATOM 865 SG CYS 108  15.200 3.910 11.227 1.00 54.49   S', 
        'ATOM 929 SG CYS 117  13.649 -6.894 22.589 1.00106.90   S' ] ''' 


for path in pdbPathAndName: 
    f = open(path, 'r').readlines() 
    f = map(lambda x: x.strip(), f) 
    for line in f: 
     if "SG" in line and line.endswith("S"): 
      print (path.split("/")[-1] + "_" + re.split('\s+', line)[1] + ":" + re.split('\s+', line)[5] + ":" +re.split('\s+', line)[6] + ":" + re.split('\s+', line)[7]) 

#PRINTED OUTPUT 
'''E3P.B99990001.pdb_138:6.923:0.241:6.116 
    E3P.B99990001.pdb_397:15.856:3.506:8.144 
    E3P.B99990001.pdb_424:8.558:1.315:6.627 
    E3P.B99990001.pdb_774:14.204:-5.490:24.812 
    E3P.B99990001.pdb_865:15.545:4.258:10.007 
    E3P.B99990001.pdb_929:16.146:-6.081:24.770 

    E3P.B99990002.pdb_138:4.499:4.286:8.260 
    E3P.B99990002.pdb_397:14.897:3.238:9.338 
    E3P.B99990002.pdb_424:5.649:5.914:8.639 
    E3P.B99990002.pdb_774:12.114:-6.864:23.897 
    E3P.B99990002.pdb_865:15.200:3.910:11.227 
    E3P.B99990002.pdb_929:13.649:-6.894:22.589''' 

    #MY EXPECTED OUTPUT 
''' MainlIst=[ 
      ['E3P.B99990001.pdb_138:6.923:0.241:6.116' 
      'E3P.B99990001.pdb_397:15.856:3.506:8.144' 
      'E3P.B99990001.pdb_424:8.558:1.315:6.627' 
      'E3P.B99990001.pdb_774:14.204:-5.490:24.812' 
      'E3P.B99990001.pdb_865:15.545:4.258:10.007' 
      'E3P.B99990001.pdb_929:16.146:-6.081:24.770']#sublist1 

      ['E3P.B99990002.pdb_138:4.499:4.286:8.260' 
      'E3P.B99990002.pdb_397:14.897:3.238:9.338' 
      'E3P.B99990002.pdb_424:5.649:5.914:8.639' 
      'E3P.B99990002.pdb_774:12.114:-6.864:23.897' 
      'E3P.B99990002.pdb_929:13.649:-6.894:22.589']#sublist2 
                  ]''' 
#then use thes sublists to make combinations 
    for sublists in mainlist: 
     Combinatedlist=map(dict,itertools.combinations(sublists.iteritems(), 2)) 
#since it is sublist there wont be any crossing between sublist1 and sublist2 while doing combinations

#but я все еще не получил должного результата, если вы можете предложить мне ваши пути

Привет ребята я получил ответьте на это, просто включив в них конкретный шаблон между каждым блогом и переплетаясь на основе того же самого, чтобы сделать подписок, а затем внедрили комбинацию из него

My code: 

import fileinput 
import os 
import re 
import itertools 
import math 
import sys 

pdbPathAndName = ['/Users/Mahesh/Documents/MAHESH_INTERNSHIP_2014/ENZOWP2/2WC5_090715_170128/E3P/E3P.B99990001.pdb','/Users/Mahesh/Documents/MAHESH_INTERNSHIP_2014/ENZOWP2/2WC5_090715_170128/E3P/E3P.B99990002.pdb'] 

ATOM_COORDINATE=[] 
for path in pdbPathAndName: 
    f = open(path, 'r').readlines() 
    f = map(lambda x: x.strip(), f) 
    for line in f: 
     if "SG" in line and line.endswith("S"): 
     ATOM_COORDINATE.append(path.split("/")[-1] + "_" + re.split('\s+', line)[1] + ":" + re.split('\s+', line)[5] + ":" +re.split('\s+', line)[6] + ":" + re.split('\s+', line)[7]) 
ATOM_COORDINATE.append("foo") 

#Making Mainlist with sublists by splitting "foo" pattern 
sub = [] 
for item in ATOM_COORDINATE: 
    if item == 'foo': 
     ATOM_COORDINATE.append(sub) 
     sub = [] 
    else: 
     sub.append(item) 
#Making combinations out of sublists 
COMBINATION=[] 
for sublists in sub: 
    for L in range(2, len(sublists), 4): 
     for subset in itertools.combinations(sublists, L): 
      COMBINATION.append(subset) 

OUTPUT: 
MainlistWithSublists: 
[['E3P.B99990001.pdb_138:6.923:0.241:6.116', 'E3P.B99990001.pdb_397:15.856:3.506:8.144', 'E3P.B99990001.pdb_424:8.558:1.315:6.627', 'E3P.B99990001.pdb_774:14.204:-5.490:24.812', 'E3P.B99990001.pdb_865:15.545:4.258:10.007', 'E3P.B99990001.pdb_929:16.146:-6.081:24.770'], ['E3P.B99990002.pdb_138:4.499:4.286:8.260', 'E3P.B99990002.pdb_397:14.897:3.238:9.338', 'E3P.B99990002.pdb_424:5.649:5.914:8.639', 'E3P.B99990002.pdb_774:12.114:-6.864:23.897', 'E3P.B99990002.pdb_865:15.200:3.910:11.227', 'E3P.B99990002.pdb_929:13.649:-6.894:22.589']] 
Combination out of sublists: 
[('E3P.B99990001.pdb_138:6.923:0.241:6.116', 'E3P.B99990001.pdb_397:15.856:3.506:8.144'), ('E3P.B99990001.pdb_138:6.923:0.241:6.116', 'E3P.B99990001.pdb_424:8.558:1.315:6.627'), ('E3P.B99990001.pdb_138:6.923:0.241:6.116', 'E3P.B99990001.pdb_774:14.204:-5.490:24.812'), ('E3P.B99990001.pdb_138:6.923:0.241:6.116', 'E3P.B99990001.pdb_865:15.545:4.258:10.007'), ('E3P.B99990001.pdb_138:6.923:0.241:6.116', 'E3P.B99990001.pdb_929:16.146:-6.081:24.770'), ('E3P.B99990001.pdb_397:15.856:3.506:8.144', 'E3P.B99990001.pdb_424:8.558:1.315:6.627'), ('E3P.B99990001.pdb_397:15.856:3.506:8.144', 'E3P.B99990001.pdb_774:14.204:-5.490:24.812'), ('E3P.B99990001.pdb_397:15.856:3.506:8.144', 'E3P.B99990001.pdb_865:15.545:4.258:10.007'), ('E3P.B99990001.pdb_397:15.856:3.506:8.144', 'E3P.B99990001.pdb_929:16.146:-6.081:24.770'), ('E3P.B99990001.pdb_424:8.558:1.315:6.627', 'E3P.B99990001.pdb_774:14.204:-5.490:24.812'), ('E3P.B99990001.pdb_424:8.558:1.315:6.627', 'E3P.B99990001.pdb_865:15.545:4.258:10.007'), ('E3P.B99990001.pdb_424:8.558:1.315:6.627', 'E3P.B99990001.pdb_929:16.146:-6.081:24.770'), ('E3P.B99990001.pdb_774:14.204:-5.490:24.812', 'E3P.B99990001.pdb_865:15.545:4.258:10.007'), ('E3P.B99990001.pdb_774:14.204:-5.490:24.812', 'E3P.B99990001.pdb_929:16.146:-6.081:24.770'), ('E3P.B99990001.pdb_865:15.545:4.258:10.007', 'E3P.B99990001.pdb_929:16.146:-6.081:24.770'), ('E3P.B99990002.pdb_138:4.499:4.286:8.260', 'E3P.B99990002.pdb_397:14.897:3.238:9.338'), ('E3P.B99990002.pdb_138:4.499:4.286:8.260', 'E3P.B99990002.pdb_424:5.649:5.914:8.639'), ('E3P.B99990002.pdb_138:4.499:4.286:8.260', 'E3P.B99990002.pdb_774:12.114:-6.864:23.897'), ('E3P.B99990002.pdb_138:4.499:4.286:8.260', 'E3P.B99990002.pdb_865:15.200:3.910:11.227'), ('E3P.B99990002.pdb_138:4.499:4.286:8.260', 'E3P.B99990002.pdb_929:13.649:-6.894:22.589'), ('E3P.B99990002.pdb_397:14.897:3.238:9.338', 'E3P.B99990002.pdb_424:5.649:5.914:8.639'), ('E3P.B99990002.pdb_397:14.897:3.238:9.338', 'E3P.B99990002.pdb_774:12.114:-6.864:23.897'), ('E3P.B99990002.pdb_397:14.897:3.238:9.338', 'E3P.B99990002.pdb_865:15.200:3.910:11.227'), ('E3P.B99990002.pdb_397:14.897:3.238:9.338', 'E3P.B99990002.pdb_929:13.649:-6.894:22.589'), ('E3P.B99990002.pdb_424:5.649:5.914:8.639', 'E3P.B99990002.pdb_774:12.114:-6.864:23.897'), ('E3P.B99990002.pdb_424:5.649:5.914:8.639', 'E3P.B99990002.pdb_865:15.200:3.910:11.227'), ('E3P.B99990002.pdb_424:5.649:5.914:8.639', 'E3P.B99990002.pdb_929:13.649:-6.894:22.589'), ('E3P.B99990002.pdb_774:12.114:-6.864:23.897', 'E3P.B99990002.pdb_865:15.200:3.910:11.227'), ('E3P.B99990002.pdb_774:12.114:-6.864:23.897', 'E3P.B99990002.pdb_929:13.649:-6.894:22.589'), ('E3P.B99990002.pdb_865:15.200:3.910:11.227', 'E3P.B99990002.pdb_929:13.649:-6.894:22.589')]

Спасибо всем

источник

2015-07-12 user3805057

Почему бы не использовать Dict, вы ** потребность ** список? –

Спасибо ... потому что следующий шаг я хочу сделать комбинацию всего отдельного списка и прочитать все четные строки из отдельных списков комбинаций. поэтому, если это список, этот шаг будет легко сделать. но если вы знаете, как это сделать, вы можете предложить то же самое. – user3805057

Если вы можете, просто использовать словарь:

from collections import defaultdict 

s = """B99990001 1 2 3 4 
B99990001 1 3 3 4 
B99990002 1 2 3 4 
B99990002 1 3 3 4 
B99990003 1 2 3 4 
B99990003 1 3 3 4""" 

d = defaultdict(list) 
for line in s.split('\n'): 
    index, values = line.split(maxsplit=1) 
    d[index].append(values)

Output (словарь d):

d = { 
    'B99990003': ['1 2 3 4', '1 3 3 4'], 
    'B99990001': ['1 2 3 4', '1 3 3 4'], 
    'B99990002': ['1 2 3 4', '1 3 3 4'], 
}

Если вы действительно нужно использовать список списков вместо dict, вы можете просто преобразовать это обратно в список:

l = [['%s %s' % (index, value) for value in d[index]] for index in d]

Вы можете отсортировать его с помощью sorted(l) если вы предпочитаете отсортированный версию.

источник

2015-07-12 23:20:35

Это будет полезно Если я не хочу делать combinatios в следующем шаге: моя следующая идея берет каждый подсписок и делает из него комбинации. но в этом случае Если я делаю комбинации, он будет использовать эти три колонки B99901,02,03 в одной комбинации – user3805057

@ user3805057 Какие комбинации вы собираетесь сделать? Можете ли вы дать больший пример ввода/вывода через pastebin.com или что-то еще? –

Конечно, я добавлю настоящий пример завтра и спасибо за ваш ответ – user3805057

Если вы хотите иметь точно такой же выход:

from collections import OrderedDict 

d = OrderedDict() 
with open('file.txt') as f: 
    for line in f: 
     splitted = line.strip().split() 
     key = splitted[0] 
     if key not in d: 
      d[key] = [] 
     d[key].append(' '.join(splitted[1:])) 

mainList = [ [key + ' ' + item for item in d[key] ] for key in d ] 
print mainList

Выход:

[['B99990001 1 2 3 4', 'B99990001 1 3 3 4'], 
['B99990002 1 2 3 4', 'B99990002 1 3 3 4'], 
['B99990003 1 2 3 4', 'B99990003 1 3 3 4']]

источник

2015-07-12 23:24:50 Sait

Как составить список списков на основе определенного символа?

ответ

Смежные вопросы