Где jNeuroML помещает команды LEMS в генерируемый NEURON .MOD/NMODL?

Question

Как следующие теги в LEMS получить карту в NEURON .MOD/NMODL файлов:

<OnEvent> 
    <StateAssignment .. /> 
</OnEvent> 

<OnCondition ... > 
    <StateAssignment ... > 
</OnCondition> 

<DerivedVariable .. /> 
<ConditionalDerivedVariable .. /> 
<TimeDerivative .. /> 

Answer 1

тегах LEMS сопоставляются к нейрону MOD следующим образом:

• OnEvent ->NET_RECEIVE: StateAssignment s внутри OnEvent размещены в NET_RECEIVE блоке NEURON .MOD. Назначения помещаются в том порядке, в котором они отображаются в файле LEMS.
• OnCondition ->BreakPoint: Все if заявления от каждого OnCondition тега слипаются вместе и помещены в BreakPoint секции и получить выполняются в том порядке, в котором они появляются в файле чах.
• DerivedVariable, ConditionalDerivedVariable, TimeDerivative ->DERIVATIVE: Они также слипаются вместе и появляются в ПРОИЗВОДНОЙ разделе. Во-первых, все DerivedVariable выписок, затем все ConditionalDerivedVariable выписок и, наконец, все TimeDerivative утверждений. Как и другие, все они размещаются в том порядке, в котором они появляются.

Примечания:

• Если вам нужен DerivedVariable, который используется в OnCondition, создать всегда-выполняющийсяOnCondition заявление с test="1 .eq. 1", с новым StateVariable и поместите его перед любым другим OnCondition которые будут использовать его.
• Аналогичным образом, если вам нужен DerivedVariable, который зависит от ConditionalDerivedVariable, создайте всегда исполняемый ConditionalDerivedVariable и разместите его перед другим ConditionalDerivedVariable s, которые его используют.

• После того, как переведены к нейрону MOD, операторы группируются и выполняется в течение каждого временного шага в следующем порядке:

  1. OnEvent
  2. OnCondition 'ы
  3. DerivedVariable' ы
  4. ConditionalDerivedVariable «ы
  5. TimeDerivative

См: In NEURON .MOD files what is the order of operations of the sections?