R-program - ошибка пакета igraph

Question

Я столкнулся с сообщением об ошибке в программе R (см. Код \ ниже), когда я попытался использовать библиотеку igraph в своей виртуальной машине Xubuntu. Эта проблема не была раньше. Все прекрасно работало.

Это началось совсем недавно, когда я пытался переустановить R \ igraph в другой новой VM (Xubuntu).

Может ли кто-нибудь дать мне какие-либо советы относительно того, как исправить эту проблему?

Ниже приведены подробности -

Сообщение об ошибке -

Attaching package: ‘igraph’ 

The following objects are masked from ‘package:stats’: 

    decompose, spectrum 

The following object is masked from ‘package:base’: 

    union 

Loading required package: methods 

Attaching package: ‘igraph’ 

The following objects are masked from ‘package:stats’: 

    decompose, spectrum 

The following object is masked from ‘package:base’: 

    union 

Как я установил R Base & Igraph -

sudo apt-get -y install r-base 
    sudo echo "r <- getOption('repos'); r['CRAN'] <- 'http://cran.us.r-  project.org'; options(repos = r);" > ~/.Rprofile 

    sudo Rscript -e "install.packages('ggplot2')" 
    sudo Rscript -e "install.packages('plyr')" 

    sudo Rscript -e "install.packages('reshape2')" 

    sudo Rscript -e "install.packages('igraph')" 

    sudo Rscript -e "install.packages('doBy')" 

sudo Rscript -e "install.packages('stargazer')" 

Мой R - Программа

library(igraph) 
g <- read.graph("DataForImage.net", format="pajek") 
g <- delete.vertices(g,which(degree(g)<1)) 
jpeg(filename = "Image1.jpg", width = 2000, height = 2000, 
    units = "px", pointsize = 10, bg = "white", 
    res = NA) 
g <- simplify(g) 
l <- layout.fruchterman.reingold(g, dim=2,verbose=TRUE) 
l <- layout.norm(l, -1,1, -1,1) 
fcs <- fastgreedy.community(simplify(as.undirected(g))) 
Q <- round(max(fcs$modularity), 3) 
fcs <- community.to.membership(g, fcs$merges, steps=which.max(fcs$modularity)-1) 
plot(g, layout=l,vertex.shape="circle", vertex.size=2, vertex.label=NA, vertex.color="black", 
    vertex.frame.color="black", edge.width=5, 
    rescale=FALSE, xlim=range(l[,1]), ylim=range(l[,2]), 
    main="") 
results <- read.table("detailTotals.csv", header=TRUE, sep=",") 
jpeg(filename = "Image2.jpg", width = 2000, height = 2000, 
    units = "px", pointsize = 50, bg = "white", 
    res = NA) 
plot(results$SetLineTotal, results$SetCount, main="Set Analysis", 
xlab="Set Lines", ylab="Set Counts", col="black", bg="black", pch=21, cex=1) 
grid(nx = 50, ny = 50, col = "lightgray", lty = "dotted", lwd = par("lwd"), equilogs = TRUE) 

Answer 1

Я думал, что поделюсь окончательным решением, которое, похоже, работает для меня. Я немного пошатнулся, и после некоторого анализа я узнал ниже. Ошибка, похоже, с версией igraph - V1.0. Кодовая формулировка выше R - программа

l <- layout.fruchterman.reingold(g, dim=2,verbose=TRUE) 

ошибки в igraph V1.0.

Пакет R-igraph переписан, и, следовательно, некоторые из функций \ сетевых алгоритмов из старой версии заменены \ перекодированы \ изменены в новой версии igraph - 1.0 и далее. Итак, я вернулся к старому пакету igraph (0.7.1), и теперь я больше не столкнулся с проблемой. И моя R-программа, похоже, работает нормально. Ниже приведены команды, чтобы вернуться к старому igraph пакету 0.7.1

wget http://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/igraph/igraph_0.7.1.tar.gz 
sudo R CMD INSTALL igraph_0.7.1.tar.gz