создать матрицу расстояний в R (без использования dist())

Question

Мне нужно создать матрицу расстояний от матрицы, которая возвращает расстояние между столбцами.

Я ЗНАЛ, что существует функция, называемая dist(), но я не могу ее использовать, потому что я буду использовать не общие функции расстояния.

Я думал об использовании приложения, но я не знаю, как его написать.

Петля Я создал это:

dista <- function(A,distance){ 
    dist_matrix=matrix(0,dim(A)[2],dim(A)[2]) 
    for (i in 1:(dim(A)[2]-1)){ 
    for(j in (i+1):(dim(A)[2])){ 
     if(distance=='cosine') dist_matrix[j,i]<- (1-sum(A[,i]*A[,j]))/(sqrt(sum(A[,i]^2))+sqrt(sum(A[,j]^2))) 
    } 
    } 
    dist_matrix 
} 

Answer 1

Если у вас есть какой-то кадр данных, как это:

df <- data.frame(x = rnorm(10, 5, 1), y = rnorm(10)) 

Вы можете использовать применяются следующим образом:

apply(df, 1, dist) 

Чтобы использовать функция расстояния до клиента, вы можете заменить вызов на dist выше:

apply(df, 1, my_own_dist) 

Конечно, это проходит через каждую строку данных и будет по-прежнему медленнее, чем вычисление на основе матрицы. Знание того, что на самом деле делает ваша дистанционная функция, может помочь вам получить еще более эффективный способ решения этой проблемы.

EDIT на основе комментариев ниже ....

Если вы пытаетесь вычислить парного расстояние между каждой парой столбцов исходной матрицы А, вы можете попробовать что-то вроде этого:

apply(combn(1:ncol(A), 2), 2, function(x) my_dist_function(A[, x])) 

Сначала создайте все уникальные пары столбцов и пропустите их по одному за раз