Как расколоть и слить нечестные сегментированные регионы

Я выполнил сегментирование водоразделов на изображении кластеризованных ячеек. Кажется, что много кластеров ячеек, которые не были сегментированы достаточно или вообще не были сегментированы. Есть также отдельные ячейки, которые были пересмотрены. Какие методы я мог бы использовать для слияния переделанных одиночных ячеек и дальнейшего расщепления недораспределенных кластеров ячеек?Как расколоть и слить нечестные сегментированные регионы

Редактировать: критерии для определения того, была ли ячейка перечеркнута или переопределена, будет определяться, находится ли область ячейки в пределах определенного среднего диапазона ячеек нормального размера. Хотя я не уверен, что это хорошая идея. Любая помощь будет оценена, спасибо.

источник

2016-06-15 Senyokbalgul

Ответ должен быть очевиден на этом изображении: нет абсолютно никакого способа угадать, где разделить и где сливаться без каких-либо критериев. Случайно, может быть? –

Исходное изображение было бы очень полезно для понимания результата. В общем случае, если результат выше/под сегментированным, вы должны работать над маркерами. Если вы не можете сделать лучше, стохастический водораздел - это «когда-нибудь» решение. – FiReTiTi

кажется, что ваше оригинальное изображение было красивой структурой - можем ли мы это сделать? так что вы ожидаете, что клетки будут такими округленными объектами или такими - вот и догадка – gpasch

Вы не можете ожидать ошибок нуля и сегментировать все идеально. Возможно, у вас меньше или больше клеток. Возможно, качество изображения было очень плохим.

Если вы знаете, что ячейки имеют область в определенном диапазоне, просто адаптируйте параметры водораздела (порог), пока в среднем оценочная площадь не будет соответствовать вашим прежним знаниям.

Если у вас действительно большие сегменты (большая площадь, более чем в два раза средняя площадь или около того), пусть водораздел снова выполняется локально с более высоким порогом.

Если у вас локально очень мелкие сегменты, пусть водораздел снова запускается локально с меньшим порогом.

Я бы не сделал больше, кроме использования другого алгоритма, например, ilastik, который имеет полуавтоматизированную сегментацию.

источник

2016-06-16 11:42:12 Trilarion

Я знаю, что идеальная сегментация не была бы вероятной, но проблема в том, что ошибочная сегментация будет мешать отслеживанию ячеек.Вы упомянули адаптацию порога, но какой порог вы имеете в виду: бинарный порог или порог водораздела? Потому что я не знал, что сам водораздел имеет порог. – Senyokbalgul

@Senyokbalgul Если есть более одного порога, вы можете играть со всеми из них и посмотреть, какое влияние они оказывают. Возможно, вы также захотите попробовать другие алгоритмы (например, ilastik). – Trilarion

Вы должны решить, что является идеальным или ожидаемой клетки для вас; по-видимому, его круглую форму без поворота кривизны (т. е. она не меняется с направлением) = простая форма. Для этого вы можете использовать функции формы, такие как округлость: вам нужно определить, какой диапазон круговых значений вы принимаете.

Для водораздела я думаю, что лучше переходить на перераспределение - тогда формы, которые близки, могут быть объединены в зависимости от того, соответствует ли комбинированная форма критериям (как указано выше). Могут использоваться другие особенности формы (удлинение и т. Д.).

Если вы идете на недочету, у вас нет выбора (по методу, который вы используете), но для повторения сегментации на оставшихся фигурах.

источник

2016-06-16 03:00:50 gpasch

Как расколоть и слить нечестные сегментированные регионы

ответ

Смежные вопросы