Я использую t-SNE с кодом matlab с этого сайта (https://lvdmaaten.github.io/tsne/). Тем не менее, вся ошибка, когда я запускаю эту программу, с размером данных больше, чем количество данных. Приведенный ниже код является кодом я использую в настоящее время, и ошибка всегда происходит здесьМогу ли я использовать t-SNE, когда размер больше, чем количество данных?
M = M(:,ind(1:initial_dims));
ошибка
Index exceeds matrix dimensions.
Error in tsne (line 62)
M = M(:,ind(1:initial_dims));
Я называю эту tsne функцию с помощью команды в MATLAB
output = tsne(input, [], 2, 640, 30);
Размер входного файла (162x640), размер 640, а число данных - 162. Ниже приведен код, приведенный на веб-сайте выше.
function ydata = tsne(X, labels, no_dims, initial_dims, perplexity)
%TSNE Performs symmetric t-SNE on dataset X
%
% mappedX = tsne(X, labels, no_dims, initial_dims, perplexity)
% mappedX = tsne(X, labels, initial_solution, perplexity)
%
% The function performs symmetric t-SNE on the NxD dataset X to reduce its
% dimensionality to no_dims dimensions (default = 2). The data is
% preprocessed using PCA, reducing the dimensionality to initial_dims
% dimensions (default = 30). Alternatively, an initial solution obtained
% from an other dimensionality reduction technique may be specified in
% initial_solution. The perplexity of the Gaussian kernel that is employed
% can be specified through perplexity (default = 30). The labels of the
% data are not used by t-SNE itself, however, they are used to color
% intermediate plots. Please provide an empty labels matrix [] if you
% don't want to plot results during the optimization.
% The low-dimensional data representation is returned in mappedX.
%
%
% (C) Laurens van der Maaten, 2010
% University of California, San Diego
if ~exist('labels', 'var')
labels = [];
end
if ~exist('no_dims', 'var') || isempty(no_dims)
no_dims = 2;
end
if ~exist('initial_dims', 'var') || isempty(initial_dims)
initial_dims = min(50, size(X, 2));
end
if ~exist('perplexity', 'var') || isempty(perplexity)
perplexity = 30;
end
% First check whether we already have an initial solution
if numel(no_dims) > 1
initial_solution = true;
ydata = no_dims;
no_dims = size(ydata, 2);
perplexity = initial_dims;
else
initial_solution = false;
end
% Normalize input data
X = X - min(X(:));
X = X/max(X(:));
X = bsxfun(@minus, X, mean(X, 1));
% Perform preprocessing using PCA
if ~initial_solution
disp('Preprocessing data using PCA...');
if size(X, 2) < size(X, 1)
C = X' * X;
else
C = (1/size(X, 1)) * (X * X');
end
[M, lambda] = eig(C);
[lambda, ind] = sort(diag(lambda), 'descend');
M = M(:,ind(1:initial_dims));
lambda = lambda(1:initial_dims);
if ~(size(X, 2) < size(X, 1))
M = bsxfun(@times, X' * M, (1 ./ sqrt(size(X, 1) .* lambda))');
end
X = bsxfun(@minus, X, mean(X, 1)) * M;
clear M lambda ind
end
% Compute pairwise distance matrix
sum_X = sum(X .^ 2, 2);
D = bsxfun(@plus, sum_X, bsxfun(@plus, sum_X', -2 * (X * X')));
% Compute joint probabilities
P = d2p(D, perplexity, 1e-5); % compute affinities using fixed perplexity
clear D
% Run t-SNE
if initial_solution
ydata = tsne_p(P, labels, ydata);
else
ydata = tsne_p(P, labels, no_dims);
end
Я пытаюсь понять этот код, но я не могу понять, в какой части произошла ошибка.
if size(X, 2) < size(X, 1)
C = X' * X;
else
C = (1/size(X, 1)) * (X * X');
end
Почему это условие необходимо? Поскольку размер «X» равен (162x640), оператор else будет выполнен. Думаю, это проблема. В выражении else размер «C» будет (162x162). Однако в следующей строке
M = M(:,ind(1:initial_dims));
Используется «initial_dims», равный 640. Я использовал этот код неправильно? Или это просто недоступно для набора данных, который я использую?