Я предполагаю, что вы говорите об Apple iBooks на iPad? Вы уверены, что наблюдаете за поведением PDF, а не с файлом ePub?
Собственный формат iBooks - это ePub или формат, созданный iBooks Author.
PDF-файлы обычно (в подавляющем большинстве случаев) используются не-reflowing способом. Воспроизведение точного визуального оформления страниц - явно без перекомпоновки - именно поэтому PDF был изобретен.
Есть конструкции, которые вы можете добавить в файлы PDF, чтобы сделать их более похожими на форматы, такие как HTML и ePub; эти конструкции могут помечать текст стилями, логически определять абзацы, столбцы и таблицы и так далее. Обычно они используются для создания PDF-файла, подходящего для долговременного архивирования (в соответствии со стандартом ISO PDF/A) или доступного (подходящего для чтения программным обеспечением для чтения с экрана для людей с ослабленным зрением, например). Такой файл PDF обычно называют помеченным PDF.
Насколько я знаю, iBooks на самом деле не поддерживает тегированные PDF-файлы (это означает, что он не использует информацию в таком файле PDF для обновления файла). И насколько я знаю, вы не можете создать необходимые теги и структуру со встроенной библиотекой iOS.
Если ваше целевое приложение - iBooks, вам, вероятно, будет лучше смотреть на генератор ePub ...