ANOVA синтаксис в RPy2

Question

Первый раз, используя реализацию RPy2 в Python. Попытка сделать односторонний ANOVA с двумя факторами. Он работает в R на другой машине, но Python не любит синтаксис. Любые мысли оцениваются!

from rpy2.robjects import aov 

huanova = aov(formula = df1['human_den'] ~ df1['region']+df1['years']) 

Точки сообщения об ошибке в тильде.

huanova = aov(formula=df1['human_den'] ~ df1['region']+df1['years']) 
            ^
SyntaxError: invalid syntax 

Answer 1

Тильда ~ унарна в Python, но вы используете его как Binary. Вы можете:

huanova = aov(formula = df1['human_den'] + ~ df1['region']+df1['years']) 

Обратите внимание, что я добавил ПЛЮС перед Тильдой.

Answer 2

Согласно documentation about Formulae in Rpy2, вы должны передать формулу в виде строки. Это один из способов сделать это:

from rpy2.robjects import aov 
from rpy2.robjects import Formula 

formula = Formula('human_den ~ region + years') 
env = formula.environment 
env['human_den'] = df1['human_den'] 
env['region'] = df1['region'] 
env['years'] = df1['years'] 

huanova = aov(formula = formula)