Вы не можете перекомпилировать файл исходных данных с помощью IDA (инструмент «Создать EXE-файл» программы, найденный в его основном главном, ничего не делает - он в основном заштрихован с помощью окна сообщения, в котором говорится, что используемый вывод тип файла не поддерживается).
Ваш единственный вариант - компиляция вашего кода с помощью компилятора исходного файла, добавление нового сегмента в образ исходного файла, где вы выгружаете свой собственный (скомпилированный) код и исправляете соответствующие местоположения в исходном коде (.text) сегмент для вызова вашего кода. Не имеет понятия, поддерживает ли IDA тип статического исправления, требуемого для шагов № 2 и № 3, но вы, вероятно, найдете другие инструменты, которые помогут вам в этом (вы можете начать с OllyDbg).
Я никогда раньше не пытался делать что-либо подобное, поэтому сделайте мое предложение с щепоткой соли. Я, однако, видел различные бинарные файлы, к которым прикреплены произвольные сегменты.
EDIT: Взгляните на этот вопрос, пока вы на него - IDA pro asm instructions change