Какая фильтрация используется в SPCImage для binning?

Question

Мне было интересно, если кто-нибудь знает, какой фильтр применяется SPCImage от Becker & Hickl system.

Я беру некоторые данные FLIM с моей системой, и я хочу создать изображения продолжительности жизни. Для этого я хочу, чтобы мои изображения были так же, как и SPCImage, поэтому я могу увеличить коэффициент SN. Биннинг идет как 1x1, 3x3, 5x5 и т. Д. Я создал функцию для выполнения 3x3-битнинга, но каждый раз он становится более сложным ...

Я хочу сделать это в MATLAB, и, возможно, уже есть функция, которая может помочь мне в этом.

Большое спасибо за помощь.

Answer 1

Этот вопрос старый, но для тех, кто иначе интересно: вы хотите суммировать пиксели в окрестности (2M + 1) x (2M + 1) для каждой плоскости (М четной). Поэтому я уверен, что вы можете решить проблему, рассматривая ее как свертку.

#This is your original 3D SDT image 
#I assume that you have ordered the image with spatial dimensions along the 
#first and second and the time channels are the third dimension.  
img = ... #<- your 3D image goes here  

#This describes your filter. M=1 means take 1 a one pixel rect around your 
#center pixel and add the values to your center, etc... (i.e. M=1 equals a 
#total of 3x3 pixels accumulated) 
M=2 

#this is the (2D) filter for your convolution 
filtr = ones(2M+1, 2M+1); 

#the resulting binned image (3D) 
img_binned = convn(img, filtr, 'same'); 

Вы должны обязательно проверить результат по своим расчетам, но он должен сделать трюк.

Answer 2

Я думаю, что вам необходимо проверить/исследовать функции фильтра изображений, применимые к этому королю изображений. Флуоресцентная визуализация микроскопии.

Медиана фильтр как показано here подходит для смягчения вещей. Или weihgted фильтр скользящего среднего, где применяется к изображению Стирание де яркие пятна и только поддерживают широкие возможности

Таким образом, вы должны рассмотреть обработки цифровых изображений в MATLAB