Eclipse, запускает отдельный экземпляр Tomcat в специально созданном среде. В этой среде переменная $CATALINA_BASE установлена в определенную папку в папке .metadata рабочей области.
Если вы не знакомы, переменная $CATALINA_BASE устанавливается, если вы хотите запустить экземпляр Tomcat, настроенный с использованием совершенно разных аргументов, переменных и приложений.
Обычно эта переменная не установлена, но если Tomcat может обнаружить, что эта переменная установлена, то он использует конфигурационные файлы в каталоге /conf этой конкретной папке и ведет себя так, как будто $CATALINA_BASE является $CATALINA_HOME.
Бинарные файлы в вашей папке $CATALINA_HOME/bin по-прежнему используются для вызова/обработки экземпляров, но все остальное должно быть расположено и/или указано в папке, на которую вы сейчас указываете, что должно соответствовать правильной структуре папок Tomcat.
В моем debian-дистрибутиве, использующем Tomcat 8, значение $CATALINA_BASE установлено равным ~/Workspace/.metadata/.plugins/org.eclipse.wst.server.core/tmp0.
Вы должны быть в состоянии видеть, где $CATALINA_BASE настроено путем изучения журналов консоли вашего Eclipse, когда Tomcat сначала запускает вывод результатов веб-приложения.